КОГ
Белок: ALV04537.1
Идентификатор КОГа: COG3858
E-value: 3.87e-11
Интервал в остатках: 93-252
Всего остатков: 466
Название (eng): Spore germination protein YaaH
Название (рус): Белок прорастания споры YaaH

COGNAT
PDF-file
Параметры COOGNAT:
  • Search for COG - COG3858
  • Neighborhood Size - 9
  • Occurrence Threshold (%) - 20
  • Taxonomy - Нет
    		•
    На рисунке выше показан пример выдачи программой COGNAT. В окне справа показаны стрелки, каждая из которых - 1 ген. Цветом выделены те, которые встречаются большее число раз, чем выбранный порог (Threshold). В окне слева находятся организмы, чье геномное окружение рассматривается. Снизу представлены все найденные консервативные КОГи.
    Геномное окружение обладает довольно хорошей консервативностью

    Отнесение белка ALV04537.1 из Roseateles depolymerans к терминам GO
    С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST был обнаружен белок chitinase B из организма Bacillus anthracis str. Ames. P-value = 2.6e-09. Этот белок не совпадает с моим белком, но они выполняют одну и ту же функцию в организмах. Оба организма относятся к царству бактерий.
    АспектИдентификатор GOНазвание терминаПеревод названия терминаКод типа достоверности
    Biological process0006032chitin catabolic processкатаболический процесс хитинаISS
    Molecular function0004568chitinase activityактивность хитиназыISS
    Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Q81Z87.
    Код типа достоверностиРасшифровка кода типа достоверностиОбъяснение
    ISSInferred from Sequence or structural SimilarityДостоверность определяется с помощью исследования последовательности или структурного сходства продуктов генов.
    Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.

    С помощью баззы данных GO было выяснено, что мой белок имеет высокую степень сходства с белком chitinase B из другого организма (но тоже бактерии). Примечательно, что их функции в этих организмах совпадают. В таблице 1 приведены частотные находки, отнесенные к найденному белку. В таблице 2 представлена расшифрофка кода достоверности из таблицы 1. С данным КОГом связано совсем мало других белков.
    [назад]
    © Бартыш Катя