Было найдено 424 последовательности, которые подошли под запросы blast.
Для выравнивания были выбраны 5 Триозофосфатизомераз: TPIS_HELPY;TPIS_HELPH;TPIS_HELPG;TPIS_HELPJ;TPIS_HELPS;TPIS_HELAH.
E-value ≤ 7*10^-147.
Процент идентичности варьируется от 90,60 до 96,58.
Процент идентичности везде 100%.
Судя по проценту покрытия и проценту идентичности можно сказать, что белки между собой гомологичны.
Текстовая выдача программы blast
| Database | UniprotKB/Swiss-Prot(swissprot) | |
| Organism | bacteria (taxon:2) | |
| Algorithm | blastp | |
| Max target sequences | 500 | |
| Expect threshold | 0.05 | |
| Word size | 6 | |
| Max matches in a query range | 0 | |
| Matrix | BLOSUM62 | |
| Gap Costs | Existance:11, Extension:1 | |
| Matrix | BLOSUM62 | |
| Compositional adjustments | Conditional compositional score matrix adjustment |
ID R1AB_CVHOC
AC P0C6X6
OS Human coronavirus OC43 (HCoV-OC43)
Для анализа я выбрала белок Host translation inhibitor nsp1.
Координаты: начальная - 1, конечная - 246.
С помощью данной команды была вырезана последовательность зрелого белка:
seqret sw:"R1AB"_"CVHOC"[1:246] nsp1.fasta
ссылка на файл с последовательностью
Далее был воспроизведен blast данной последовательности с такими же параметрами, как в таблице 1.
ссылка на blast данной последовательности
Для выравнивания были выбраны следующие белки: R1A_CVHOC; R1AB_CVHOC; R1A_CVBLU; R1A_CVBEN; R1A_CVBM; R1AB_CVBEN. Все белки являются гомологичными, за счет высокого процента идентичности и процента покрытия.
E-value = m*n*2^-B
m - длина исходной последовательности, n - размер базы данных, B - вес в битах.
E-value напрямую зависит от размера базы данных.
Количество найденных последовательностей в случае с ограничением поиска по вирусу и без ограничений - одинаково. Но у последовательности изменяется значение E-value.
Без ограничений
5e^-173 P0C6X6.1
С ограничением
2e^-174 P0C6X6.1
Так как остальные параметры поиска не изменялись, то значение E-value пропорционально размеру базы данных. В связи с этим можно сказать, что в swiisprot примерно 4% вирусных белков.