На сайте Rebase была выбрана бактерия Arthrospira species из-за того что в нем есть системы РМ типа II, в которых известны сайты рестрикции.
Arthrospira species - свободноплавающая нитевидная цианобактерия. Используется как пищевая добавка.
Далее надо было скачать геном бактерии с NCBI. Ознакомиться с геном можно тут.Далее использовались следующие команды:
✔ Чтобы оценить представленности сайтов рестрикции
cbcalc -s TypeII_REs.tsv -o out.tsv sequence_1.fasta:
результат
✔ Далее с помощью экселя были остсортированы, отфильтрованы с порогом 0.8 и выбраны уникальные (получилось 64 сайта):
результат
✔ Чтобы найти рестриктазы, узнающие недопредставленные в геноме Arthrospira species PCC 8005 сайты, то есть в стобце стоит "no" :
cut -f 5 TypeII_REs.tsv |paste - TypeII_REs.tsv |grep -E 'no'| cut -f 2-> no.txt
результат
✔ Далее я отфильтровала список рестриктаз на узнавание непредставленных сайтов с помощью скрипта Ренаты Бетеньковы.
результат
Из представленных идентификаторов был выбран P74518 - Ribosome hibernation promotion factor у Synechocystis sp.. Требуется для димеризации активных 70S-рибосом в 100S-рибосомы.
| Номер итерации | Число находок выше порога (0.005) | Идентификатор худшей находки выше порога | Е-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | Е-value этой находки |
| 1 | 24 | P33987.1 | 3e-05 | - | - |
| 2 | 28 | P9WMA8.1 | 3e-06 | - | - |
| 3 | 28 | P24694.1 | 2e-20 | - | - |
| 4 | 28 | P24694.1 | 2e-20 | - | - |
Для PSI-BLAST потребовалось 4 итерации. Результаты быстро стабилизировались, что говорит о высоком родстве белков внутри семейства.