e. Какие ионы связываются с белком? С белком не связаны никакие ионы.
g. Какие участки белка (напишите номера аминокислотных остатков) участвуют в связывании лиганда? Какого? С PF1 (сложным органическим лигандом данного белка) наиболее сильно взаимодействуют аминокислотные остатки Tyr47 и Tyr139 ( взаимодействие пи-электронных облаков), Asp44 (находится рядом с аминогруппой и образует солевой мостик, помогая удерживать лиганд), Glu205 (водородные взаимодействия).
k. Напишите номера и названия аминокислотных остатков, чьи боковые цепи связаны ковалентной связью. Ковалентными связями являются дисульфидные мостики, образующиеся между двумя атомами серы, входящими в состав серосодержащей аминокислоты цистеина, в белке всего один цистеиновый остаток, поэтому ковалентные связи не образуются.
m. Получите последовательность 2-й альфа-спирали, используя команду seqret пакета EMBOSS. Узнаем, какие остатки являются началом и концонм спирали. Используем команду seqret sw:ywhb_bacsu stdout -sbegin 11 -send 20 Это - AAEWWEGSFV.
n. Получите последовательность 3-го бета-тяжа, используя команду seqret пакета EMBOSS. В данном белке нет бетта-тяжей. План действий по поиску последовательности бетта-тяжа, как в предыдущем вопросе.
o. Последовательности большинства белков начинаются с метионина. Почему? После биосинтеза в процессе созревания белка метионин может быть удален. Указан ли метионин в начальной позиции заданного белка? А удаляется ли он потом? Метионин служит инициирующим кодоном у большинства организмов. В данной последовательности метионин в начале присутствует и потом также не удаляется.
q. Предложите мутацию, которая, на Ваш взгляд, сильно повлияет на активность белка. Эта мутация будет происходить в области контакта лиганда и белка. К примеру, взаимодействие на лиганд оказывает аспартат и глутамат. Это 2 отрицательно заряженные аминокислоты, их замена на какую-либо гидрофобную, или положительно заряженную аминокислоту приведет к потере лиганда и, как следствие, снижению активности.
Сравнивая белки, мы понимаем, что ортологи tena_bacsu мало исследованы: нет 3D-моделей, особенностей вторичной структуры, лишь упоминания в публикациях.Число предполагаемых ортологов Tena_Bacsu в базах данных Swissprot и TrEMBL:
Число находок по запросу (Thiaminase II) AND reviewed:yes в базе данных Swissprot - 82.
Число находок по запросу (Thiaminase II) AND reviewed:no в базе данных TrEMBL - 4242.
Сразу видно, что результаты запросов значительно различаются. Это связано с тем, что база данных TrEMBL состоит из предсказанных последовательностей, а база данных Swissprot - из последовательностей, которые действительно существуют, и это экспериментально подтверждено. Очевидно что, вычисленных и неподтвержденных последовательностей будет больше.