Нуклеотидные банки данных
1. Характеристика качества сборки генома Citrus sinensis
Апельсин (Citrus × sinensis (L.) Osbeck) - наиболее широко культивирумый представитель цитрусовых, впервые начал выращиваться в Древнем Китае. Вероятно, является гибридом мандарина (Citrus reticulata) и помело (Citrus maxima). Имеет большое хозяйственное значение в связи с использованием его плодов в пищу.
Для выбранного организма в NCBI Genome есть две сборки. Для описания была взята сборка Csi_valencia_1.0 (RefSeq ID: GCF_000317415.1)
| Качество сборки | Chromosome |
| Общая длина последовательности | 327,829,540 |
| Общая длина без гэпов | 301,231,509 |
| Гэпы между скэффолдами | 151 |
| Количество скэффолдов | 4,995 |
| Скэффолд N50 | 1,778,813 |
| Скэффолд L50 | 51 |
| Количество контигов | 17,383 |
| Контиг N50 | 49,898 |
| Контиг L50 | 1,784 |
| Общее количество хромосом и плазмид | 10 |
| Количество аннотированных белков | 39,056 |
| BioProject | PRJNA208209 |
| Один из скэффолдов | NW_006257058.1 |
2.Получение последовательности CDS одного из вирусов прокариот
Поиск был произведен по Nucleotide на сайте NCBI с помощью advanced search. Запрос выглядел так:
((Myoviridae[Organism]) AND 80000:90000[Sequence Length]) AND complete genome
Было получено 166 результатов, 134 из которых принадлежат базе GenBank, а 32 - RefSeq.
| AC нуклеотидной записи | NC_031939.1 |
| Латинское название / TaxID вида | Salmonella phage BPS15Q2 / 2560723 |
| Тип генома | ds-DNA, linear |
| Хозяин вируса | Бактерия рода Salmonella |
Файл с предположительно кодирующими последовательностями. Получен через Send to → coding sequences → format: FASTA Nucleotide
3.Описание ключей из таблицы особенностей
На сайте INSDC.org был рассмотрен feature table document, откуда была взята информация по ключам. 7 ключей рассмотрены в таблице ниже:
| Ключ | Описание | Пример |
| V_region | Вариабельная область иммуноглобулина легких и тяжелых цепей, Т-клеточных рецепторов и т.д. | V_region 55..327
/gene="TCR1A" |
| regulatory | Любой участок последовательности, отвечающий за регуляцию транскрипции, трансляции, репликации или структуры хроматина. | regulatory 1310..1317
/regulatory_class="polyA_signal_sequence"
/gene="ubc42" |
| operon | Название группы смежных генов, транскрибируемых в единый транскрипт | operon 160..6865
/operon="gal" |
| rep_origin | Ориджин репликации (участок, с которого начинается репликация ДНК) | rep_origin 6
/direction=LEFT
/note="ori" |
| sig_peptide | Кодирующая последовательность сигнального пептида; кодирующая последовательность N-концевого домена секретируемого белка | sig_peptide 1..54
/gene="TCR1A" |
| tRNA | Транспортная РНК | tRNA complement(189014..189100)
/locus_tag="AW869_01020"
/product="tRNA-Leu"
/inference="COORDINATES: profile:tRNAscan-SE:1.23"
/anticodon=(pos:complement(189064..189066),aa:Leu,seq:taa) |
| repeat_region | Область генома, содержащая повторяющиеся участки | repeat_region 1101214..1101607
/inference="COORDINATES: alignment:crt:1.2"
/inference="COORDINATES: alignment:pilercr:v1.02"
/rpt_family="CRISPR"
/rpt_type=direct
/rpt_unit_range=1101275..1101302
/rpt_unit_seq="ggtttatccccgctggcgcggggaacac" |