Построение и визуализация электронной плотности.

Выбор структуры.

Для работы я выбрал структуру белка NADH-дегидрогеназы второго типа (PDB ID: 5KMP, разрешение - 3.20 Å).
На сайте онлайн-сервиса EDS находится описание оксидоредуктазы, а также содержится информация об экспериментальных данных в формате PDB (файл струтурных факторов).
С помощью сервиса PDBeFold было найдено 97 гомологов среди доступных структур.

Упр.1 Построение изображения ЭП вокруг полипептидной цепи.

С сайта EDS была загружена карта электронной плотности 5kmp.

На PDB-струтуру была наложена ЭП с помощью PyMOL. Полипептидная цепь А покрашена светло-голубым цветом, электронная плотность - черным.
Здесь можно найти протокол команд PyMOL. Для выполнения этого этапа задания были использованы методические материалы отсюда.

В некоторых случаях ЭП неполностью покрывает полипептидную цепь.

Упр.2 Построение изображение ЭП вокруг трех аминокислотных остатков

Контакты

Ленинские горы МГУ 1, стр. 73
8-916-939-49-78
jiabicht@rambler.ru
vk.com/allweiss

FBBФакультет Биоинженерии и Биоинформатики