Выбрав пять упражнений из представленного списка, я записал соответствующие команды в текстовый файл ~/term3/pr9/emboss.txt.
Упражнение №2. Разделение файла.
Исходный файл: to_split.fasta
Команда: seqretsplit -sequence to_split.fasta -auto
Результат: 10 отдельных файлов в fasta-формате (fasta-файлы)
Упражнение №4. Трансляция кодирующей последовательности.
Исходный файл: coding.fasta
Команда:transeq -sequence coding.fasta protein.fasta -frame 1 -table 11
Результат: protein.fasta
Упражнение №5. Получение открытых рамок считывания.
Исходный файл: coding.fasta
Команда: getorf coding.fasta file.orf -minsize 230 -table 11
Результат: file.orf
Упражнение №11. Создание трёх случайных последовательностей.
Исходный файл: Нет.
Команда: makenucseq -amount 3 -length 100 -outseq 3_seq.fasta -auto
Результат: three_seq.fasta
Упражнение №14. Удаление гэпов из выравниваний.
Исходный файл: alignment.fasta
Команда: degapseq alignment.fasta wi_ali.fasta
Результат: without_alignment.fasta
Во втором задании я написал требующийся скрипт, передал ему право на исполнение.
Проверял работу скрипта на тестовых данных следующей командой:
./edirect.sh ''NC_001759'' ''GCA_000009045.1''
Кирилл Кузенков, студент второго курса ФББ