EMBOSS и протеомы
Burkholderia pseudomallei (strain 1026b)
и Escherichia coli K12
1. Частоты остатков в протеомах
| Название организма | Escherichia coli K12 | Burkholderia pseudomallei (strain 1026b) |
| Идентификатор протеома: | UP000000625 | UP000010087 |
| Количество последовательностей: | 4313 | 6032 |
| Количество аминокислот: | 1351619 | 1988544 |
2. Таблица встречаемости остатков в обоих организмах
| Название остатка | Встречаемость данного остатка у E.coly(K12) | Встречаемость данного остатка у Burkholderia pseudomallei(strain 1026b) | Разность,% |
| A | 14.57 | 9.51 | 5.06 |
| L | 10.02 | 10.72 | -0.7 |
| G | 8.34 | 7.37 | 0.97 |
| R | 7.83 | 5.52 | 2.31 |
| V | 7.47 | 7.07 | 0.4 |
| D | 5.68 | 5.15 | 0.53 |
| P | 5.37 | 4.43 | 0.94 |
| S | 5.3 | 5.79 | -0.49 |
| T | 5.08 | 5.37 | -0.31 |
| E | 4.76 | 5.76 | -1 |
| I | 4.31 | 6.01 | -1.7 |
| F | 3.57 | 3.89 | -0.32 |
| Q | 3.2 | 4.44 | -1.24 |
| K | 2.7 | 4.4 | -1.7 |
| N | 2.55 | 3.94 | -1.39 |
| Y | 2.43 | 2.84 | -0.41 |
| H | 2.34 | 2.27 | 0.07 |
| M | 2/13 | 2.82 | -0.69 |
| W | 1.37 | 1.53 | -0.16 |
| C | 0.98 | 1.16 | -0.18 |
основные различияв протеомов
Набор из 3 самых частых остатков у обоих организмов (A,L,G) совпадает, а набор из 3 самых редких остатков несколько отличается:
у моего организма он представлен: M,W,C ; а у Escherichia coli K12 - H,W,C. Для лизина и изолейцина разница по встречаемости
остатка самая большая в пользу E. coli и для аланина — в пользу моей бактерии.Здесь посчитаны и выведены количества каждого остатка
в протеомах и