Differences in alignments

1. Differences between 3 alignments of the same sequences, made by 3 alternate commands.

 
2 proteins : BCP_ECOLI and BCP_BACSU were shown in my homework. 
3 commands:needle,water,muscle- were used and by Jalview
differences can be found. This FILE consists 3 groups of alignments.
According to this file this table was made.
needle"-":1
M :1		 A :146
"-":146		 T :3
P :3
water "-":1
"-":1		"-":146
"-":146		"-":3
"-":3
muscle"-":1
M :1		 A :146
D :146		 T :3
P :3

 
 Теоретически более правдоподобно локальное выравнивание, но исходя 
из результатов трудно выяснить какое из выравниваний самое точное(они
получились практически идентичными). Последовательности ,полученные 
глобальным выравниванием получились самыми короткими, а самые длинные
получились с помощью команды muscle. 		
		

			

                		

					 Главная страница 

                        		term2 🕑

	                	

                        
© Цыганов Кирилл, 2017