Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Задание 1. Найдите отличия между тремя выравнивания ОДНИХ И ТЕХ ЖЕ последовательностей, построенные разными программами

'Достаточно описать три отличия '

Различие это вот что. Смысл выравнивания в том, что аминокислотные остатки из одной колонки считаются гомологичными. Поэтому если в одном выравнивании Ala125 стоит над Gly131, а в другом выравнивании Ala125 стоит над Gly132, то в этом месте выравнивания отличаются!

Можно взять любые выравнивания. Парные или множественные из 3-5 последовательностей

Например,

Например, множественные выравнивания, построенные разными программами

Например, парные выравнивания, построенные с разными параметрами - штрафами за открытие и удлинение гэпа, матрицей

Три полученных выравнивания поместите в одно окно в JalView, создайте из них три группы и выровняйте друг относительно друга, см. подсказки.

Какое из выравниваний вы считаете более правдоподобным? Почему? Напишите комментарий.

Дополнительные (не обязательные) задания

Задание 2. Опишите ориентированный граф для построения оптимального глобального выравнивания с аффинными штрафами за индели

Важно, чтобы описание было понятным вашим однокурсникам и проверяющим!

Задание 3. Опишите ориентированный граф для построения оптимального локального выравнивания с линейными штрафами за гэпы

Задание 4. Составьте матрицу "весов дружелюбности" на основе статистических данных о соседях в зрительном зале

.

М

Ж

Сумма

М

Ж

Сумма

(*) Также можно придумать задачу, решаемую тем же методом отношения правдоподобия на совсем другом материала. И решить ее.