Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Семестры Студенты Преподаватели

• 2024
• 2023
• 2022
• 2021
• 2020
• 2019
• 2018
• 2016

• ...

Задание 1. Найдите отличия между тремя выравнивания ОДНИХ И ТЕХ ЖЕ последовательностей, построенные разными программами

'Достаточно описать три отличия '

Различие это вот что. Смысл выравнивания в том, что аминокислотные остатки из одной колонки считаются гомологичными. Поэтому если в одном выравнивании Ala125 стоит над Gly131, а в другом выравнивании Ala125 стоит над Gly132, то в этом месте выравнивания отличаются!

Можно взять любые выравнивания. Парные или множественные из 3-5 последовательностей

Например,

• Парное выравнивание, полученное из множественного путем удаления всех последовательностей, кроме двух
• Глобальное выравнивание, оставшихся последовательностей Программа needle (EMBOSS), параметры по умолчанию.
• Локальное выравнивание их же. Программа water (EMBOSS).

Например, множественные выравнивания, построенные разными программами

Например, парные выравнивания, построенные с разными параметрами - штрафами за открытие и удлинение гэпа, матрицей

Три полученных выравнивания поместите в одно окно в JalView, создайте из них три группы и выровняйте друг относительно друга, см. подсказки.

Какое из выравниваний вы считаете более правдоподобным? Почему? Напишите комментарий.

Дополнительные (не обязательные) задания

Задание 2. Опишите ориентированный граф для построения оптимального глобального выравнивания с аффинными штрафами за индели

• Подсказки см. в презентации
• Описание может состоять в
  • текстовом описании всех вершин и стрелочек и весов на них
  • изображении графа с подписями весов стрелочек; "трехмерный" граф изобразить на плоскости трудно, поэтому можно ограничиться небольшой его частью

Важно, чтобы описание было понятным вашим однокурсникам и проверяющим!

Задание 3. Опишите ориентированный граф для построения оптимального локального выравнивания с линейными штрафами за гэпы

• Описание может состоять в
  • текстовом описании всех вершин и стрелочек и весов на них
  • изображении графа с подписями весов стрелочек
• Продемонстрируйте соответствие между путем и выравниванием "игрушечном" примере

Задание 4. Составьте матрицу "весов дружелюбности" на основе статистических данных о соседях в зрительном зале

• (*) Сходите в театр и запишите расположение всех зрителей: М - мужчина, Ж - женщина (*). См. образец в презентации
• Поход в театр можно заменить фотографией зрительного зала или выдумать положение зрителей.
• Определите отношения правдоподобия для пар (М,М), (М,Ж), (Ж,М), (Ж,Ж) и веса - логарифмы этих отношений. Умножьте все веса на одно число чтобы масштабировать различия. Скажем, если все веса получились меньше 1 по модулю, то умножьте их на 10 или на 100 и округлите до целых - чтобы легче было сравнивать.
• Ответ представьте в виде матрицы весов дружелюбности

• Сделайте вывод о дружелюбности полов.

(*) Также можно придумать задачу, решаемую тем же методом отношения правдоподобия на совсем другом материала. И решить ее.