Цыганов Кирилл

Геномные браузеры

TASK1. UCSC

короткое и полное имя гена	TTN (uc284pqc.1)
на какой цепи он закодирован	-
в какой хромосоме находится	2
к каким плечу и полосе принадлежит участок	chr2:q31.2
координаты гена в последовательности хромосомы	178,527,012-178,804,642
число альтернативных продуктов закодировано в гене	8
число экзонов и длина аминокислотной последовательности трех первых продуктов экспрессии	1)ENST00000342992.10 : число экзонов - 311, длина белка - 33423 аа 2)ENST00000342175.10 : число экзонов - 191, длина белка - 27118 аа 3)ENST00000359218.9 :число экзонов - 191, длина белка - 27051 аа

1.окрестность гена из Genome Browser c выбранными треками

TASK2. Ensembl


Было построено выравнивание выбранного гена человека TTN (uc284pqc.1) с гомологичным геном шимпанзе. Ссылка на   
FILE  с выравнианием
Сравнение генов программой dismat пакета EMBOSS: 
Distance Matrix
---------------

Uncorrected for Multiple Substitutions
Using base positions 123 in the codon
Gap weighting is 0.000000

	    1	    2
	  0.00	  1.05		homo_sapiens_1-306486 1
		  0.00		pan_troglodytes_1-306486 2
Программа dismat показывает число различий, выраженное в числе замен на 100 нуклеотидов. 
Длина всего выравнивания была 306486, тогда 306486/100*1.05 = 3218 н. число различий. 
Число полиформизмов по данным сервера Ensembl: 4181 
Число различий примерно в 1,3 раза меньше числа полиморфизмов.