2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2016
Практикум 10. Геномные браузеры
Ссылки: UCSC genome browser, Ensembl, NCBI Genome Data Viewer
1. UCSC
Выберите какой-нибудь белок человека из списка или (лучше) какой-нибудь другой. Найдите информацию о гене этого белка в геномном браузере UCSC.
a) Укажите:
- короткое и полное имя гена,
- на какой цепи он закодирован,
- в какой хромосоме находится,
- к каким плечу и полосе принадлежит участок (например,chr7:p14.2),
- координаты гена в последовательности хромосомы,
- сколько альтернативных продуктов закодировано в гене,
- для каждого продукта укажите число экзонов и длину аминокислотной последовательности (если продуктов больше трёх, то достаточно описать три первых).
Всю информацию берите из аннотации GENCODE (самой верхней).
b) Сохраните картинку окрестности гена из Genome Browser c треками:
гены GENCODE и RefSeq,
- консервативность последовательности среди позвоночных (Conservation),
- частые полиморфизмы (Common SNPs) последней версии (150).
Все остальные треки скройте.
Указания.
- Щелкните на ген, чтобы увидеть его характеристики
- Задайте параметры изображения (dense, pack, full или squish для выбранных характеристик и hide для остальных)
- Чтобы сохранить картинку, нажмите правой кнопкой на трек и выберите пункт "View image". Если не получится, сделайте скриншот.
2. Ensembl
Постройте выравнивание выбранного гена человека с гомологичным геном шимпанзе и определите число различий. Сравните его с числом часто встречающихся полиморфизмов (различий в геномах разных людей) в этом же гене. Выравнивание сохраните в рабочей директории, сделав на него ссылку в отчете на сайте. Полученные данные и выводы приведите на сайте.
Указания. Найдите заданный ген в поиске Ensembl. В меню слева выберите Comparative Genomics → Alignments (text). Нажмите Select an alignments, выберите Pairwise → Primates → Chimpanzee → Align. Сохраните полученное выравнивание (Download). Подсчитайте число различий командой distmat пакета EMBOSS. Узнайте число полиморфизмов, выбрав в меню слева Genetic Variation → Variation table.
3*. Genome Data Viewer
Рассмотрите тот же фрагмент генома в Genome Data Viewer. Опишите, в чем отличие от других браузеров, в чем он удобнее/неудобнее, какую информацию можно извлечь только из этого браузера.
Подсказка: В Ensembl найдите слева ссылку на NCBI, где сразу откроется Genome Data Viewer c тем же фрагментом генома.