Главная страница
term3 🕒

A- и В- формы ДНК. Структура РНК

TASK1. Модели структур A-, B- и Z-формы ДНК
A-форма ДНК
B-форма ДНК
Z-форма ДНК

TASK2
В сторону большой бороздки обращены атомы 8:B.N7, 8:B.C5, 8:B.C4, 8:B.N9, 8:B.C8
В сторону малой бороздки обращены атомы : 8:B.N6, 8:B.C6, 8:B.N1, 8:B.C2, 8:B.N3

1. Adenin

A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
Шаг спирали Å 27,6 36,7 20,62
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки Å [DA]8:B.P;11.81 [DC]9:A.P;14.86 [8MG]4:A.P;11.43
Ширина малой бороздки Å [DC]10:B.P;15.11 [DC]9:A.P;9.77 [8MG]10:B.P;8.19

TASK3 

		Тяжи структуры данной тРНК похожи на А-ДНК. Это видно из ниже приведенной таблицы(для strain 1) 
		по наименьшей разнице между средним значением торсионных углов исследуемой тРНК и 
		из соответствующей таблицы, сделанной в EXCEL,а рядом находится ссылка на файл 
             
EXCEL

base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
strain 1
tRNA -47.64 35.91 64.33 84.18 -137.36 -71.67 -138.97
aDNA -36.84 66.57 33.96 83.56 -131.98 -72.10 -164.53
Разница с тРНК 10.8 30.66 30.37 0.61 5.373 0.43 25.55
Среднее значение разницы 14.8
bDNA -64.04 71.18 65.52 125.45 -2.12 -79.19 -115.98
Разница 16.4 35.27 1.18 41.27 135.23 7.52 22.9
Среднее значение разницы 37.125
zDNA 46.52 -95.62 -0.98 121.13 -118.36 42.24 -49.45
разница 94.16 131.52 65.3 36.95 18.99 113.911 89.5
среднее значение разницы 78.67

Этот Сизифов труд я приберегу, чтобы не забывать о существовании тэга (pre) при создании таблиц
base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
1 G --- -163.5 44.9 81.1 -148.1 -79.6 -178.1
2 G -61.1 178.0 49.6 84.4 -141.1 -79.5 -172.4
3 C -56.7 166.8 49.4 77.3 -139.4 -82.6 -170.6
4 G -63.6 163.7 59.0 79.1 -167.2 -69.5 -169.4
5 C -65.4 179.9 58.0 81.2 -154.4 -84.0 -165.8
6 G -54.2 165.9 58.9 84.8 -160.2 -62.0 -166.8
7 U -75.8 -175.9 69.4 116.4 -49.4 -104.3 -131.9
8 U 71.5 -168.5 53.4 89.2 -140.0 -79.5 180.0
9 C -51.8 163.6 47.9 81.4 -157.1 -67.1 -167.1
10 C -71.3 -170.9 48.4 83.8 -162.5 -49.1 -154.1
11 G -155.1 148.8 146.0 88.6 -139.4 -63.3 178.6
12 G -72.9 -178.5 55.9 80.4 -167.3 -69.5 -162.8
13 U -67.9 -179.2 53.0 83.9 -135.6 -56.8 -163.5
14 U -66.8 -178.6 46.0 78.0 -146.1 -76.3 -142.4
15 A 156.5 -176.4 170.7 82.7 -127.4 -75.3 -175.1
16 A -78.5 177.2 53.3 81.5 -156.0 -58.2 -158.7
17 U -65.6 -179.8 47.3 79.6 -143.6 -89.2 -160.3
18 C -54.0 155.8 57.6 82.0 -149.7 -72.5 -162.9
19 C -76.6 -174.8 50.4 82.2 -157.5 -73.1 -162.7
20 G -54.8 172.1 46.4 79.0 -152.6 -65.9 -171.4
21 U -60.8 174.0 54.8 80.7 -160.3 -99.9 -163.6
22 C -53.8 170.9 52.4 82.5 -138.5 -88.2 -173.9
23 A -174.4 -174.4 X48.9 82.8 -147.2 -77.0 -153.9
24 C -70.1 173.6 51.2 80.0 -148.8 -72.8 -160.2
25 A -63.4 172.5 53.4 82.0 -148.3 -64.7 -163.5
26 A -56.2 174.0 51.4 88.2 -178.0 -81.3 -149.2
27 A 152.8 179.4 178.9 87.2 -154.6 -78.7 -168.2
28 G -64.4 172.3 52.3 88.2 -151.4 -71.4 -156.0
29 C -63.7 167.6 53.6 81.1 -138.6 -80.6 -146.0
30 G -155.3 -175.1 76.0 96.7 -59.3 -155.0 -124.6
31 U 144.1 152.9 55.8 83.6 61.5 105.1 -171.7 

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -45.7   166.2    55.5    82.0  -153.2   100.3  -160.5
   2 C    -57.6   174.0    48.7    77.5  -146.0   -77.3  -165.0
   3 G    -54.0   173.1    44.5    77.7  -151.1   -70.6  -164.1
   4 C    -51.8   167.7    53.1    77.3  -157.0   -81.3  -165.6
   5 G    -63.0   170.1    56.3    78.5  -149.4   -75.2  -166.9
   6 C    -70.9   176.4    54.5    80.2  -157.0   -69.2  -154.9
   7 A    -84.1  -160.2    52.7    88.0  -159.0   -63.4  -153.5
   8 A    -81.8  -170.5    63.0    84.7  -175.7   -59.6  -159.5
   9 G    -58.0   173.7    51.9    83.8  -166.1   -64.1  -164.7
  10 G    -57.7   165.7    48.8    77.7  -151.0   -74.9  -170.0
  11 C    -67.2  -164.6    40.7    83.3  -147.7   -79.2  -162.3
  12 C    -90.5   134.6    39.1    80.0  -152.4   -65.5  -176.2
  13 A    -58.8  -149.2    63.6    83.1    70.2    70.7  -111.4
  14 G    -73.8   151.5  -174.2    79.2    78.1    80.4  -152.4
  15 U    -71.2   177.5    62.4    85.2  -125.1   -57.3  -163.3
  16 U    -65.6   170.6    52.1    82.6  -151.7   -58.8  -156.1
  17 A    -38.1   164.8    46.7    80.1  -141.7   -59.7  -167.2
  18 G    -70.9  -177.7    52.4    76.5  -153.8   -77.4  -168.5
  19 G    -78.1  -169.6    50.0    82.8  -157.2   -63.4  -166.3
  20 C    -62.3   172.5    49.7    79.9  -152.7   -72.0  -166.2
  21 G    -55.2  -172.6    40.5    79.5  -155.9   -63.7  -164.0
  22 A    -69.6   175.6    55.3    77.2  -150.4   -65.8  -171.8
  23 U    -60.9   171.2    52.6    79.1  -145.0   -61.5  -160.5
  24 G    -68.2  -178.1    46.8    84.2  -150.6   -71.3  -159.6
  25 U    -65.1   168.3    49.7    80.9  -149.8   -79.0  -158.3
  26 A    138.9  -111.7   153.0   105.3   -87.7   -67.4  -152.1
  27 U    -21.7   173.3    46.8    88.8  -121.1  -171.8  -152.5
  28 G    -38.3   140.4    54.0    87.0    71.6  -134.7  -139.5
  29 C     89.1   167.0    44.3    87.1  -160.4   -38.8  -161.5
  30 C    161.2   177.5    54.6    84.0  -135.2   -79.9  -170.3
  31 C    147.2   172.9    55.5    81.2  -170.4   -55.8  -145.8
****************************************************************************

TASK3.2 
	В исследуемой структуре тРНК 1u0b было обнаружено IV стебля:
	I) 1- 7 нуклеотиды (Strand I) / 66 - 72 нуклеотиды (Strand II)
	II) 49 - 53 нуклеотиды (Strand I) / 61 - 65 нуклеотиды (Strand II)
	III) 39 - 42 нуклеотиды (Strand I) / 28 - 31 нуклеотиды (Strand II)
	IV) 10 - 12 нуклеотиды (Strand I) / 23 - 25 нуклеотиды (Strand II)
	Неканоническими парами оснований являются:
							[..U]U-**--A[..A]
							[..U]U-**+-G[..G]
							[..A]A-**--U[..U]
							[..A]A-**--U[..U]
							[..U]U-*---G[..G]
							[..C]C-**--A[..A]
							[..A]A-**--A[..A]
							[..A]A-**--U[..U]
							[..G]G-**+-G[..G]
							[..C]C-**+-C[..C]
							[..G]G-*---C[..C]
							[..U]U-**+-C[..C]


	В cтруктуре тРНК отсутствуют участки, стабилизирующие третичную структуру посредством
	дополнительных водородных связей в молекуле

1u0b RNA

© Цыганов Кирилл, 2017