3.Ссылки на исходные файлы в .ab1 формате для прямой & обратной цепей
Границы нечитаемых 5'- и 3'-участков в каждой последовательности
Границы нечитаемых 5'- и 3'-участков
5'-участок
3'-участок
Прямая последовательность
1-29
355-384
Обратная последовательность
1-4
356-382
Неравномерность силы сигнала и шума вдоль последовательности присутствует на протяжении всей хроматограммы.
Отношения сигнала и шума в среднем большие,то есть хроматограмма читаема.
Далее идет сравнение участков обратной (картинка сверху) и прямой(картинка снизу) хроматограмм.
1. В данном случае представлен пример полиморфизма Y ,
потому как скачки сигналов нуклеотидов C & T имеют одинаковую высоту.
2. 287-ой нуклеотид А проблемный, потому что разность высоты сигнала и шума мала (меньше половины высоты сигнала). В данном случае должен стоять нуклеотид А
3. Здесь представлен полиморфизм R нуклеотидов А и G. Должен стоять н-д G
4. 80-ой нуклеотид А проблемный, потому что разность высоты сигнала и шума мала (меньше половины высоты сигнала) Должен стоять н-д A
TASK2. Пример нечитаемого фрагмента хроматограммы
Совсем плохая хроматограмма
По картинке можно сказать,что хроматограмма бесполезна. В Chromas качество хроматограммы изображается уровнем
окраски в квадратике, расположенным вверху над буквой нуклеотида. В данном случае только 8 из 81 квадратиков имеют окраску.
Здесь определены всего лишь 3 нуклеотида (29-й,44-й и 65-й нуклеотиды по счету), остальные нуклеотиды вырожденные.
Однако определение 65-й нуклеотида тоже было неправильным, в этом можно убедиться,если посмотреть на почти незаметный
скачок сигнала нуклеотида А. Нельзя не заметить полного отсутствия скачков (41-66 нуклеотиды) и появление последователных, налегающих
друг на друга резких скачков синего,красного и зеленого сигналов. Такое поведение сигналов сильно отличается от такового в
идеальной хромтаграмме. Ниже, в качестве сравнения, приведен пример идеальной хроматограммы.
