Kodomo

Пользователь

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Практикум 6. Чтение последовательностей по Сэнгеру

1. Получить последовательность ДНК на основании данных, полученных из капиллярного секвенатора. Составить отчёт о проблемах при чтении хроматограмм

Пояснения.

Капиллярный секвенатор выдает файлы с хроматограммой и автоматически прочтённой последовательностью в формате .ab1.

Вам дано два файла в формате .ab1, соответствующие прочтению прямой и обратной цепочки секвенируемой ДНК. См. список данных, файлы лежат на диске P в соответствующей директории: P:\y17\term3\block2\ab1_files.

Для просмотра хроматограмм и редактирования автоматического прочтения будем использовать программу Chromas (Lite).

Отчет должен быть представлен на странице вашего сайта.

Термины

Проблемный нуклеотид — тот, по которому вы приняли решение, отличное от предложенного программой, или вы согласились с программой, но необходимо было проанализировать хроматограммы и принять решение. Проблемные нуклеотиды в последовательности выделяйте строчными буквами.

Полиморфизм — это нуклеотид, про который вы решили, что в секвенируемой ДНК встречаются два (или более) варианта. Полиморфизмы обозначайте кодами вырожденных нуклеотидов (ambiguity codes), см. https://droog.gs.washington.edu/parc/images/iupac.html.

Что должно быть в отчёте.

Примерный порядок действий.

Предостережения.

2. Приведите пример нечитаемого фрагмента хроматограммы

Фрагмент можно взять из любого файла. Совсем плохие хроматограммы см. в директории bad там же на диске P.

Постарайтесь выбрать фрагмент, про который можно что-то написать.

В отчете — картинка и объяснение.