Главная страница
term3 🕒

Прочтение последовательностей по Сэнгеру

TASK1. Oтчёт о проблемах при чтении хроматограмм

Ссылка на файл с результатом — последовательностью в fasta формате.
A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Комплексы ДНК-белок

1. tRNA from Zuker's algorithm

2. tRNA structure
 

По результатам в таблице можно сказать,что программа
einverted не выдает нам информацию про всю структуру 
тРНК, а алгоритм Зукера, хотя и предоставил рисунок
всей тРНК, но исказил строение антикодонового стебля.
Программа find_pair дала наибоее полное представление 
о молекуле
TASK2. Пример нечитаемого фрагмента хроматограммы
1упр.
ссылка на сценарий для 1упр.

2упр.
ссылка на сценарий для 2 упр.

Контакты разного типа в комплексе 1bdt.pdb
Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 3 39 42
oстатками фосфорной кислоты 25 15 40
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 12 22 34
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 5 0 5 
По результатам в таблице можно сказать,что неполярных котнактов между ДНК и белком 
больше,чем полярных. Преимущественно эти связи образованы благодаря остовной части ДНК нежели 
азотистым основаниям. (42+40 против 34+5) Вполне логично,что атомов оснований,направленных в сторону 
большей бороздки и участвующих в контакте с атомами белка, больше чем тех,что непосредственно обращены в сторону малой.

© Цыганов Кирилл, 2017