Главная страница
term4 🕓
TASK1. Получение информации о КОГе, к которому относится kynurenine 3-monooxygenase
В сервисе CDD (Conserved Domain Database) для кинуренина 3-монооксигеназы был выбран один
специфический хит (UbiH), который содержал КОГ:COG0654 со следующими характеристиками:
E-value : 1.52e-33
Interval : 12-337 (326 остатков)
Названире КОГа: 2-polyprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase and related FAD-dependent oxidoreductases (2-полипропенил-6-метоксифенол
гидроксилаза и связанные с ней ФАД-зависимые оксидоредуктазы.
Функциональная категория: Coenzyme transport and metabolism, Energy production and conversion (участвует в метаболизме и транспорте коэнзимов,
а также играет роль в конверсии и создании энергии)
Ссылка на страницу c информацией о КОГе: link
TASK2. Визуализация геномного окружения
Получение изображения геномного окружения инструментом COGNAT(COmparative Gene Neighborhood Analysis Tool)
На вход подавались название моего КОГа:COG0654; Neighborhood Size: 9(размер геномного окружения); Occurrence Threshold (%) : 10; Taxonomy :нет.
Обозначения: коричневая стрелочка -ген, отнесенный к моему КОГу (COG0654), а зеленая стрелочкак-ген, отнесенный к COG1309
(DNA-binding transcriptional regulator, AcrR family). Понятно, что цветные стрелочки- это те гены, которые прошли порог на вхождение, т.е.
их продукты встречаются чаще, чем в 10% случаев на рисунке. Видно,что консервативного геномного окружения НЕ наблюдается у большинства бактерий
(у некоторых протеобактерий даже отсутствует мой КОГ: COG0654). Что касается актинобактерий, то у них есть консервативность в геномном окружении.
Исходя из функций белков, которые экспрессируются данными генами, можно допустить ,что они оба участвуют в окислении NADPH до NADP.
Ссылка на файл с геномным окружением: file with COmparative Gene Neighborhood Analysis
TASK3. Отнесение kynurenine 3-monooxygenase из бактерии [Xanthomonas citri subsp. citri] к терминам GO
С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST был обнаружен белок (symbol:kmo) "kynurenine 3-monooxygenase" из "Danio rerio" (zebrafish),
который больше всего схож с kynurenine 3-monooxygenase из бактерии [Xanthomonas citri subsp. citri]. P-value составляет 3.4e-61.
Посмотрев на выравнивание (BLAST match, и учитывая параметры: Identities = 157/407 (38%), Positives = 209/407 (51%), можно сказать,
что найденный белок и исходный белок не есть одно и то же.
Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot A0A0U5G7N2 (A0A0U5G7N2_XANCI)
Аспект |
Идентификатор GO |
Название термина |
Перевод названия термина |
Код типа достоверности |
Биологический процесс (Biological process) |
GO:0006569 |
tryptophan catabolic process |
катаболизм процесса |
IEA,IEA |
GO:0034354 |
'De novo' NAD biosynthetic process from tryptophan |
синтез NAD 'de novo' (из простых предшественников) через образование триптофана |
IEA |
GO:0043420 |
anthranilate metabolic process |
метаболический путь антраниливой кислоты |
IEA |
GO:0072015 |
glomerular visceral epithelial cell development |
клеточный рост висцеральных клеток эптиелия почечных клубочков |
IMP,IMP |
GO:0070189 |
kynurenine metabolic process |
метаболический путь кенуренина |
IBA |
GO:0019674 |
NAD metabolic process |
метаболический путь NAD |
IBA,ISS |
GO:0055114 |
oxidation-reduction process |
окислительно-восстановительный процесс |
IEA,IEA |
GO:0019363 |
pyridine nucleotide biosynthetic process |
биосинтез пиридиновых нуклеотидов |
IEA |
GO:0019805 |
quinolinate biosynthetic process |
биосинтез хинолинатов |
IEA,IEA |
GO:0001878 |
response to yeast |
восприимчивость к дрожжам |
IDA |
GO:0044550 |
secondary metabolite biosynthetic process |
вторичный метаболический путь |
IBA |
Cellular component |
GO:0016021 |
integral component of membrane |
компонент, полностью погруженный в ме6брану |
IEA |
GO:0016020 |
membrane |
мембрана |
IEA |
GO:0005741 |
mitochondrial outer membrane |
наружная мембрана митохондрий |
ISS,IEA,IEA |
GO:0005739 |
mitochondrion |
митохондрия |
IEA |
molecular function |
GO:0071949 |
FAD binding |
ФАД-связывание |
IEA |
GO:0050660 |
flavin adenine dinucleotide binding |
ФАД-связывание |
IBA |
GO:0004502 |
kynurenine 3-monooxygenase activity |
кенуренин 3-монооксигеназная активность |
IEA,IBA,ISS,IEA |
GO:0004497 |
monooxygenase activity |
монооксигеназная активность |
IEA |
GO:0016174 |
NAD(P)H oxidase activity |
НАДФш-оксидазная активность |
IBA |
GO:0016491 |
oxidoreductase activity |
окислительно-восстановительная активность |
IEA,IEA |
Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.
Код типа достоверности |
Расшифровка кода типа достоверности |
Объяснение (ссылка на сайт с мануалом БД GO пусть лежит здесь) |
IEA |
Inferred from Electronic Annotation |
Данный код присваивается в случае, когда аннотация белка была проведена
с помощью вычислительной техники без человеческих проверок |
IMP |
Inferred from Mutant Phenotype |
Данный код присваивается в случае, когда биологические процессы, биологическая
функция или клеточная локализация белка прогнозируются на основе различий
между данными аспектами у продуктов двух различных аллелей одного гена.
Код используется в ситуациях, когда одна аллель гена является диким типом,
а другая аллель мутантная. |
IBA |
Inferred from Biological aspect of Ancestor (IBA) |
Данный код присваивается в случае, когда биологические аспекты продукта гена-
потомка предсказываются на основе биологических аспектов продукта предкового
гена. Конвейер таких аннотаций основан на филогенетических анализах, чтобы
распространять аннотации среди связанных последовательностей генов-потомков
с последовательностью общего для них предкового гена |
ISS |
Inferred from Sequence or structural Similarity |
Данный код присваивается в случае, когда биологические аспекты продукта гена
основываются на анализе последовательности гена и на использовании руководства.
Код используюется при определении структурного сходства генного продукта с
экспериментальным белком с помощью кристаллографии, ЯМР или компьютерных
методов |
IDA |
Inferred from Direct Assay |
Данный код присваивается в случае, когда биологические процессы, биологическая
функция или клеточная локализация белка были подтверждены биохимическими
или клеточным анализами |
В этом задании был найден белок из Данио-рерио, обладающий максимальным сходством с исходным белком.
Далее, перейдя на страницу белка-находки (kynurenine 3-monooxygenase), я просмотрел
таблицу с аннотациями этого белка (информация о его функции, локализации в клетке,
метаболическом пути). Каждой аннотации соответсвовал код достоверности. Для кенуренина
3-монооксигеназы коды достоверности представлены в таблице2. Можно сделать вывод, что
для некоторых свойств кенуренина (напротив которых стоит код IDA) представлены хорошие
доказательства, поскольку были проведены экспериментальные работы над моим белком.
Однако, основным кодом достоверности в моем случае является IEA, который не дает
должных доказательств для подтверждения свойств кенуренина, поскольку аннотации были определены
in silico без постановки эксперимента.
© Цыганов Кирилл, 2017