Kodomo

User

Учебная страница курса биоинформатики,
год поступления 2017

Занятие 6. Геномное окружение. База данных GO

Отчёт по занятию должен быть выложен на сайт, со ссылкой со страницы семестра, до 23:59 7 апреля (четверг) 2019 г.

1. Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок

Обратите внимание! Если на одном и том же месте в белке обнаруживаются несколько КОГов, то вам нужно выбрать, к какому из них белок относится (как правило, это очевидно КОГ с наименьшим e-value). Не нужно приводить информацию по всем остальным КОГам или другим типам доменов.

2. Визуализация геномного окружения

3. Отнесение вашего белка к терминам GO

Важно! Если мера сходства вашего белка и белка из БД GO, с вашей точки зрения, недостаточна для того, чтобы переносить термины GO с одного на другой, возьмите другой белок или напишите мне письмо.

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot P0ACJ8 (CRP_ECOLI) <вставьте идентификаторы белка-находки по принципу AC (ID)>

Аспект

Идентификатор GO

Название термина

Перевод названия термина

Код типа достоверности

Биологический процесс (Biological process)

GO:0000001

Unknown GO term

Неизвестно что

IEA

...

...

...

...

...

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.

Код типа достоверности

Расшифровка кода типа достоверности

Объяснение

IEA

Inferred from Electronic Annotation

Данный код присваивается в случае, когда...

...

...

...

Подсказки и рекомендации

Подсказка по сервису COGNAT:

  • Одна стрелочка = 1 ген. Показываются все гены, которые отнесены к выбранному КОГу в 711 прокариотических геномах (последний релиз базы данных, 2015 г.), и их геномное окружение.
  • Щелчок по стрелочке ЛКМ показывает в правой части окна аннотацию к данному гену.
  • Neighborhood size – общее число генов, которые будут показаны, включая целевой ген (поровну слева и справа от целевого гена).

  • Occurence threshold – если ген, продукт которого относится к какому-то КОГу, встречается в большем % случаев на рисунке, то все находки данного КОГа будут покрашены. Например, 1% покрасит очень много стрелочек-генов, а 100%, скорее всего, вообще ни одной.

  • Taxonomy – по умолчанию (значение "НЕТ") геномные окружения будут отсортированы в соответствии с множественным выравниванием целевого КОГа (т.е. условно - по филогенетическому дереву данного КОГа). Значение "ДА" меняет сортировку на сортировку по таксономическому дереву организмов.

  • Download PDF – сохраняет рисунок в формате pdf. Проверьте, что браузер не блокирует всплывающие окна.