Uniprot - Proteomes

Протеомы двух организмов: Pectobacterium atrosepticum(strain SCRI 1043 / ATCC BAA-672) (Erwinia carotovora subsp. atroseptica) и Eschirichia coli(strain K12) (Strain: K12 / MG1655 / ATCC 47076)

Таблица 1. Основные данные

Организм Uniprot ID Число последовательностей Число остатков
Escherichia coli k12 UP000000625 4313 1351622
Pectobacterium atrosepticum (erwinia carotovora subsp. atroseptica) UP000007966 4459 1442513

Количество аминокислотных остатков было подсчитано командой wordcount [имя файла] -wordsize=1 пакета EMBOSS.

Таблица 2. Встречаемость аминокислот по данным протеомов двух организмов

%, E.coli %, Pectobacterium atrosepticum Δ
L 10.67577 10.95477 -0.27901
A 9.511535 9.512843 -0.00131
G 7.370478 7.206452 0.164026
V 7.073057 6.969088 0.103969
I 6.009816 5.959045 0.050771
S 5.796665 6.362508 -0.56584
E 5.765961 5.534647 0.231314
R 5.518629 5.631353 -0.11272
T 5.394038 5.537073 -0.14304
D 5.149147 5.305810 -0.15666
Q 4.443402 4.714620 -0.27122
P 4.428309 4.412439 0.015871
K 4.405744 4.133481 0.272263
N 3.936900 3.818267 0.118632
F 3.892656 3.783051 0.109606
Y 2.844656 2.857652 -0.01300
M 2.822535 2.607048 0.215487
H 2.267720 2.292180 -0.02446
W 1.531863 1.385915 0.145948
C 1.160901 1.021759 0.139143

Таблица в Excel 2007

Была проанализирована частота встречаемости некоторых аминокислот обоих организмов:
Для организма E.coli K12 самыми частыми оказались:
Для организма Pectobacterium atrosepticum (erwinia carotovora subsp. atroseptica) самыми частыми оказались:
Для организма E.coli K12 самыми редкими оказались:
Для организма Pectobacterium atrosepticum (erwinia carotovora subsp. atroseptica) самыми редкими оказались:

Самая большая разница по содержанию АК в пользу E.coli у лизина(K) - 0.272262672%

Самая большая разница по содержанию АК в пользу Pectobacterium atrosepticum у серина(S) - 0.565842608%