Протеом бактерии Aeromonas allosaccharophila

---

Отбор

1. База данных UniProtKB
2. Advanced search, Organism [OS]: Aeromonas allosaccharophila
3. Из трёх вариантов выбран UP000595101 - Aeromonas allosaccharophila (FDAARGOS_933)
4. Данный протеом имеет очень высокую оценку качества по алгоритму BUSCO (S:99.2%, D:0.8%). Два других варианта имеют оценку BUSCO чуть меньше (M:0.8% и M:4.9%). Оценка CPD для всех трёх вариантов одинакова - Close to standard (low value)

1. База данных UniProtKB
2. Advanced search, Taxonomy [OC]: Aeromonas
3. Из двух референсных протеомов выбран UP000000756 - Aeromonas hydrophila
4. Данный протеом также имеет очень высокую оценку качества по алгоритму BUSCO (S:99.5%, D:0.5%). В отличие от второго варианта UP000594034 - Aeromonas simiae (A6) выбранный протеом имеет оценку CPD Standard. Кроме того, данная бактерия - самая изученная из рода Aeromonas.

В аннотации к Aeromonas hydrophila сказано, что бактерия является вездесущей обитательницей различных вод - от загрезнённых и колодезных до хлорированных и бутилированных, на момент написания приобрела статус патогенной для человека, может вызывать болезни ЖКТ, кожи и прочих мягких тканей. Является патогенной не только для человека, но и для земноводных и рыб, а также для птиц и домашних животных. Устойчива к некоторым антибиотикам и дезинфецирующим средствам.

Aeromonas allosaccharophila - малоизученный организм, о его патогенности известно не так уж много. Единственный возможный довод в пользу какой-либо патогенности данной бактерии - данную бактерию выделили из больных представителей европейского угря (ссылку на источник можно найти на сайте с подготовленным мною обзором).

---

Сравнение

Метод поиска - серия команд Bash.

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep '^DE' | grep 'EC=' | wc -l # белки, обладающие каталитической активностью, т.е. ферменты

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep '^SQ' | wc -l # все пептидные последовательности

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep '^DE' | grep 'EC={1,2,3,4,5,6,7}' | wc -l # по классам ферментов; команда штатно работает при выборе лишь одного класса ферментов

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep '^KW' | grep 'Transmembrane {' | wc -l # все трансмембранные белки

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep '^KW' | grep 'Transport {' | wc -l # все транспортные белки

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep -C 4 'Transport {' | grep 'Transmembrane {' | wc -l # отсутствие grep '^KW' на результате не сказывается

zcat UP000xxxxxx.swiss.gz | grep -C 4 'Transmembrane {' | grep 'Transport {' | wc -l # транспортные трансмембранные белки; порядок не важен; число 4 не случайно, было специально подобрано, чтобы учитывались все случаи в моих протеомах