Одиннадцатый практикум

Я взял домен 9 Protein kinase domain (PF00069), домен протеин киназ, как понятно по названию. Всего белков 936534, seed 38.

Получено выравнивание из 59 белков. Далее я взял только домен, найдя его с помощью похожести 70% (результат). Подал на HMMER2.

hmm2build -f term4v2-pr11.hmm term4v2-pr11-3.fa

hmm2calibrate term4v2-pr11.hmm

Дальше я понял ошибку выбора большого домена, и взял только белки с фильтром reviewed.

hmm2search -T 50 term4v2-pr11.hmm term4v2-pr11-4.fasta > term4v2-pr11-5.txt

Результат. Учитывая, что моих белков нет среди обозренных, и что-то находится при пороге 50 (даже неплохо так находится), все оооочень плохо, и я выбрал не тот домен. А делать таблицу нет смысла, все TN.