Создание выборки белков с одинаковыми функциями.
На главную>Второй семестр>Создание выборки белков с одинаковыми функциями
Задача – создать выборку белков, для которых описание функций совпадаетс Soluble Lytic Transglykosylasa(Exomuramidase) из Eschrehia coli , штамм К-12
Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release 13-Mar-2004
| Метка поля (line code) | Запись | |
| Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа | AC | P03810; P76820; Q8XB18; |
| Имя документа /белка | ID | SLT_ECOLI |
| Название белка, отражающее его функции | DE | Soluble lytic murein transglycosylase precursor (EC 3.2.1.-) (Slt70) (Exomuramidase). |
| Дата создания документа | DT | 21-JUL-1986 (Релиз 01, Создано) |
| Дата последнего исправления аннотации | DT | 15-MAR-2004 (Релиз 43, Последние обновление) |
| Название организма | OS | Escherichia coli, and Escherichia coli O157:H7. |
| Название таксона | OX | NCBI_TaxID=562, 83334; |
| Длина последовательности | SQ | 645 АА |
| Молекулярная масса белка | SQ | ММ: 73353 a.e.m. |
| Число публикаций, использованных при создании документа | RN | 11 |
| Название журнала с самой свежей публикацией | RL | J. Mol. Biol. 291:877-898(1999). |
| Описание вторичной структуры | ||
| Что содержит поле комментариев? | CC | FUNCTION: Murein-degrading enzyme. Catalyzes the cleavage of the glycosidic bonds between N-acetylmuramic acid and N-acetylglucosamine residues in peptidoglycan. May play a role in recycling of muropeptides during cell elongation and/or cell division. CATALYTIC ACTIVITY: Cleavage of the beta-1,4-glycosidic bond between N-acetylmuramic acid and N-acetylglucosamine residues, thereby conserving the energy in a newly synthesized 1,6-anhydrobond in the muramic acid residue. SUBCELLULAR LOCATION: Periplasmic. Tightly associated with the murein sacculus. SIMILARITY: Belongs to the transglycosylase slt family. |
| Какие особенности последовательности указаны? | FT | SIGNAL, CHAIN, DISULFID, DOMAIN, ACT_SITE, MUTAGEN, CONFLICT, HELIX, TURN, STRAND. |
| Идентификатор файла PDB | DR | 1SLY; 1QSA; 1QTE; |
Часть 2. Описание процедуры составления выборки
Поиск производился с помощью SRS по базам: Uniprot/Swissprot. При поиске в поле Description вводили описание нашего белка, а в поле Species - название необходимых видов (Salmonella typhimurium и Yersinia pestis)
| № | ID | AC | Организм | Таксон |
| 1 | SLT_SALTY | P39434 | Salmonella typhimurium | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella |
| 2 | Q8CZP1 | Q8CZP1 | Yersinia pestis | Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Yersinia |
Часть 3. Описание выборки
| Запрос | Археи (Archaea) | Бактерии (Bacteria) | Эукариоты (Eukaryota) |
| ([swissprot-Taxonomy:Bacteria*] & ([swissprot-Description:murein*] | [swissprot-Description:transglycosylase*])) | 139 | ||
| ([swissprot-Taxonomy:Archaea*] & ([swissprot-Description:murein*] | [swissprot-Description:transglycosylase*])) | 1 | ||
| ([swissprot-Taxonomy:Eukaryota*] & ([swissprot-Description:murein*] | [swissprot-Description:transglycosylase*])) | 5 |