Чтобы определить, к какому домену пренадлежит белок, можно использовать сайт банка данных
семейств белков - Pfam. Был взят белок тимидилат синтаза thyX (thymidylate synthase thyX). По данным Pfam в последовательности этого белка встречается один домен - Thy1. Используя программу cons (сервер http://emboss.bioinformatics.nl/), я нашла консенсусную последовательность для блока (413-418 а.к.) из множественного выравнивания белков семейства Thy1.
ARxVLP С помощью сервиса http://weblogo.berkeley.edu/ я наглядно изобразила наиболее часто встречающиеся аминокислоты в этом блоке (Рис.1). Построение паттерновДля выбранного блока я построила паттерны, показывающие наиболее часто встречающиеся аминокислоты. Для поиска использовался сервис http://prosite.expasy.org/scanprosite/.Слабый паттерн находит гораздо больше белков, чем есть в семействе Thy1 (1591 белок), поскольку включает практически все аминокислоты, встречающиеся в выбранном блоке. Также это может быть связано с тем, что тимидилат синтазы являются очень распространёнными белками, т.к. учавствуют в синтезе ДНК. Поэтому в различных модификациях мотивы этого семейства могут встречаться во многих белках. Сильный и самый сильный паттерны более строго определяют возможные аминокислоты. Количество находок самого сильного паттерна сравнимо с размером seed семейства (163 белка), но часть белков не была найдена.
|
«Назад |
|||||||||||||
© Колупаева А.Л. 2014 |