PSI-BLAST. Множественное выравнивание

На данной странице представлены результаты по использованию PSI-BLAST.
Решалась задача: построить множественное выравнивание последовательностей гомологов моего белка (thymidylate synthase, идентификатор ADV68687.1).
»Проект Jalview

Составление семейства гомологов

Чтобы проверить, зависит ли список находок PSI-BLAST от белка, с которого начали поиск, я взяла последовательность из списка найденных (наименее похожую на исходную - худшую из тех, чьё E-value выше порога). Это последовательность с идентефикатором Q9HIB2.1. Я провела поиск по новой последовательности и сравнила списки находок по двум белкам в Excel с помощью функции VLOOKUP. Как оказалось, списки находок абсолютно совпадают (за исключением 1 находки, т.к. при поиске по новому белку было найдено на 1 последовательность больше). Отсюда можно сделать вывод, что PSI-BLAST определяет семейство гомологов независимо от белка, в которого начали поиск.
»Excel файл

Ниже приведена статистика поиска по белкам. Я проводила итерации, если находились новые находки. Как только новых находок не находилось, я считала, что семейство гомологов сформировано.
В пользу того, что найдены все белки семейства говорило также то, что разница в E-value на момент конечной итерации составляла 3 порядка (4e-05 и 0.083) для первого белка и 10 порядков (4e-12 и 0.096) для второго.

Результаты итераций
Исходный белок	№ итерации	находок лучше порога	новые находки	для лучшей			для худшей
Исходный белок	№ итерации	находок лучше порога	новые находки	ID	score	E-value	ID	score	E-value
ADV68687.1	1	49	-	C5CHB8.1	150	8e-43	P36630.2	42,3	6e-04
	2	73	да	B7IF44.1	274	3e-91	P36630.2	42,3	0.002
	3	73	нет	B7IF44.1	254	2e-83	P36630.2	47,4	4e-05
Q9HIB2.1	1	10	-	Q9HIB2.1	1018	0	Q980H6.1	46,6	2e-04
	2	73	да	Q9HIB2.1	693	0	Q5LTY7.2	49,1	4e-05
	3	74	да	BQ9HIB2.1	498	1e-170	P36630.2	44,4	0,002
	4	74	нет	Q9HIB2.1	422	3e-141	P36630.2	71,4	4e-12

Построение выравниваний представителей семейства

По найденным последовательностям я построила выравнивание с помощью программы muscle. Я использовала команду:
muscle -in <файл с последовательностями> -out <файл, куда будет записано выравнивание>.
»Множественное выравнивание

Далее с помощью Jalview я выбрала типичных представителей семейства и построила их множественное выравнивание с помощью программ muscle и mafft.
»Выравнивание muscle
»Выравнивание mafft

Я провела сравнение этих выравниваний в Jalview. Как оказалось, полностью идентичных колонок в них почти нет. Всё, что я нашла, это один участок с большим количеством гомологичных колонок, который обе программы определили одинаково (Рис.1). В остальном же выравнивания отличаются. Однако и muscle, и mafft нашли совпадающие мотивы в последовательностях белков этого семейства. Во многих участках с большим процентом гомологии между аминокислотами выравнивания отличаются только в одном белке, а в остальных являются идентичными.
Поэтому можно сделать вывод, что такие мотивы можно найти у всех белков этого семейства, независимо от программы, с помощью которой строится выравнивание.

Рис.1

«Назад
Дальше»