Банки нуклеотидных последовательностей

На данной странице представлена информация по выполнению заданий, связанных с поиском по геномным базам данных.

Качество сборки генома эукариотического организма

Оценивалась сборка генома организма Equus caballus (horse) (Таблица 1). Всего есть 2 сборки.
На сайте NCBI в разделе BioProject есть информация о 12 проектах по секвенированию генома лошади, в которых использовалось в сумме 97 животных образцов .

Таблица 1. Информация о сборке
СборкаGCA_000002305.1
Общая длина2 436 538 809 оснований
BioSampleSAMN02953672
BioProject Сборка полного генома Equus caballus или домашней лошади, геном был получен в институте Броад (Broad Institute) из самки чистокровной породы. Последовательности полногеномного шотгана были отправлены в GenBank/EMBL/DDBJ под кодом доступа проекта AWR00000000

Из таблицы контигов после упорядочения длин контигов по возрастанию с помощью функции ВПР в Excel были получены длина и код доступа для самого длинного и самого короткого контига (Таблица 3).

Таблица 2. Информация о контигах и скэффолдах
КоличествоN50L50
Контиги55 316112 3816 246
Скэффолды1 5706 246112 381
Таблица 3. Информация о самом коротком и самом длинном контигах
ДлинаКод доступа
Самый короткий контиг601AAWR02013134
Самый длинный контиг916837AAWR02034897
«Назад
Дальше»
© Колупаева А.Л. 2014