Гомологи. BLAST

Гомологи Фенилоксазолинсинтазы MbtB

Для поиска гомологов Фенилоксазолинсинтазы MbtB была использована программа BLAST. В данном случае были заданы следующие параметры:

  • Database : UniProtKB/Swiss-Prot
  • Algorithm : blastp
  • Expect threshold: 0.05
  • Word size: 5
  • Matrix: BLOSUM62
  • Max target sequences: 1000

В результате было получено 746 белков (текстовая выдача).
Далее для 7 находок с минимальные отличием E-Value от нуля было применено множественное выравнивание в программе Jalview. Все выбранные белки гомологичны, т.к. имеют достаточное количество консервативных участков (4397-4407, 4471-4485, 4552-4617, 4791-4805 и др. Подробнее см. проект)

Гомологи вируса острого паралича пчел

ID : POLN_ABPVR
AC : Q9DSN9
OS : Acute bee paralysis virus

По ключу CHAIN были найдены зрелые белки данного полипротеина : Replicase polyprotein с координатами [1:1906]
Последовательность зрелого белка представлена в данном файле
С помощью программы BLAST было найдено 53 гомолога зрелого белка (текстовая выдача).
Далее для 6 находок с минимальные отличием E-Value от нуля было применено множественное выравнивание в программе Jalview. Все выбранные белки гомологичны, т.к. имеют достаточное количество консервативных участков(537-561, 579-607, 628-639 и др. Подробнее см. проект)
Примечания : все буквы находок левее первой или правее последней буквы исходного зрелого белка удалены.

Исследование зависимости E-value от объёма банка

После применения к предыдущему запросу BLAST фильтра по организмам (Viruses) количество находок не изменилось (осталось 53 гомологичных белка). Однако значение E-Value претерпело изменения : у белка Q9IJX4.1 значение без фильтра равнялось 1e-110, а с фильтром - 5e-112. По теореме Карлина E-Value пропорционально размеру базы, в которой ищутся гомологи белков. Следовательно, доля вирусных белков равна отношению 5е-112 к 1е-110, что составляет 5%.