Консервативные аминокислотные остатки в выборке потенциальных ортологов RIR2_ECOLI.

Матрица попарного сходства последовательностей выборки ортологов

     Матрица сосдана с помощью программы GeneDoc, на основе множественного выравнивания исследумого белка (RIR2_ECOLI) и его ортологов. С помощью програмы BLASTP было найдено лишь четыре ортолога, так как другие последовательности не подходили по числу сходства (много меньше 50%). 


                  1.RIR2_ECOLI 2.RIR2_BUCAI 3.RIR2_BUCAP 4.RIR2_BUCBP 5.RIR2_BPT4 

1. RIR2_ECOLI          100%                                                    

2. RIR2_BUCAI           75%         100%                                       

3. RIR2_BUCAP           72%          86%         100%                          

4. RIR2_BUCBP           73%          77%          77%         100%             

5.  RIR2_BPT4           51%          47%          45%          47%         100%

Множественное выравнивание последовательностей выборки ортологов

   Множественное выравнивание создано с помощью программы emma (аналог ClustalW) из пакета EMBOSS. цветом выделены позиции, консервативные на 100%, а цветом — консервативные не менее, чем на 80%.

                                                                                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                 6 0                   *                 8 0              
R I R 2 _ E C O L I   :   M A Y T T F S Q T K N D Q L K E P M F F G Q P V N V A R Y D Q Q K Y D I F E K L I E K Q L S F F W R P E E V D V S R D R I D Y Q A L P E H E K H I F I S N L K Y Q   :     8 1
R I R 2 _ B U C A I   :   M S Y T I F S K K K N N Q L K E P M F F G Q P V N I A R Y D Q Q K Y K I F E Q L I E K Q L S F F W R P E E I D L S R D R I D F Q N L P D N E K H I F I S N L K Y Q   :     8 1
R I R 2 _ B U C A P   :   M S Y T T F S K K K N N Q L K E P M F F G Q S V N I A R Y D Q Q K Y N I F E K L I E K Q L S F F W R P E E I D L S K D R I D F D N L P S N E K H I F I S N L K Y Q   :     8 1
R I R 2 _ B U C B P   :   M T Y T T F S K N K N N Q L Y E P M F F G Q S V N I S R Y D Q Q K Y E I F E K L I E K Q L S F F W R P E E V D L S R D Y I D F Q N L P Q H E K H I F V S N L K Y Q   :     8 1
R I R 2 _ B P T 4     :   - M S T V F N T N P V D V L N E P M F F G S G L G L A R Y D I Q R H R V F E E L I E R Q I S F F W R P E E V N L M M D A A Q F N K L P Q Y Q Q N I F T N N L K Y Q   :     8 0
                          m   y T   F s     k n 1 q L   E P M F F G q   6 n 6 a R Y D q Q 4 y   6 F E   L I E 4 Q 6 S F F W R P E E 6 1 6 s   D   i d 5     L P     2 k h I F   s N L K Y Q            
                                                                                                                                                                                                       
                                          *               1 0 0                   *               1 2 0                   *               1 4 0                   *               1 6 0                
R I R 2 _ E C O L I   :   T L L D S I Q G R S P N V A L L P L I S I P E L E T W V E T W A F S E T I H S R S Y T H I I R N I V N D P S V V F D D I V T N E Q I Q K R A E G I S S Y Y D E L I   :   1 6 2
R I R 2 _ B U C A I   :   T L L D S I Q G R S P N I A F L P I I S I P E L E T W I E T W S F S E T I H S R S Y T H I I R N I V N C P S L V F D D I I S N K N I Y D R A Q N I S I Y Y D E L I   :   1 6 2
R I R 2 _ B U C A P   :   T L L D S I Q G R S P N I A F L P I V S I P E L E T W I E T W S F S E T I H S R S Y T H I I R N I I N N P S I V F D D I I S N K N I N D R A Q D I S I Y Y D E L I   :   1 6 2
R I R 2 _ B U C B P   :   T L L D S I Q G R S P N I A L L P I V S L P E L E T W I E T W S F S E T I H S R S Y T H I I R N I I N T P S L I F D D I I D N K N I A N R A K D I A K Y Y D D L I   :   1 6 2
R I R 2 _ B P T 4     :   S L L D S I Q G R A P S A V L M S L I S D P S L D T W V A T W T F S E T I H S R S Y T H I M R N L Y T D P S K V F D E I V L D E A I M K R A E S I G R Y Y D D V L   :   1 6 1
                          3 L L D S I Q G R s P n   a   6 p 6 6 S   P e L e T W 6 e T W   F S E T I H S R S Y T H I 6 R N 6   n   P S   6 F D d I 6   1     I     R A     I     Y Y D   6 6            
                                                                                                                                                                                                       
                                        *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                   *               2 4 0                  
R I R 2 _ E C O L I   :   E M T S Y W H - - - - - - - - L L G E G T H T V N G K T V T V S L R E L K K K L Y L C L M S V N A L E A I R F Y V S F A C S F A F A E - R E L M E G N A K I I R L   :   2 3 4
R I R 2 _ B U C A I   :   N L T S Y W H - - - - - - - - L L G E G I H L I N G K K I H I N L R F L K K R L Y L C L I S V N V L E A I R F Y V S F A C S F A F A E - R E L M E G N A K I I R L   :   2 3 4
R I R 2 _ B U C A P   :   R I T A Y W H - - - - - - - - L L G E G N H K I N E K K V E I N L K L L K R R L Y L C L I S V N V L E A I R F Y V S F A C S F A F A E - R E I M E G N A K I I R L   :   2 3 4
R I R 2 _ B U C B P   :   E L T S Y W H - - - - - - - - L F G E G K H T I N G K K I K I D L H E L K K K L Y L C L I S V N A L E A I R F Y V S F A C S F A F A E - R E K M E G N A K I I R L   :   2 3 4
R I R 2 _ B P T 4     :   V K T R E W E N A K D M V E Y Y K D Q G L I L A D K D V E Q R A K R D L M K S L Y L C L H V I N A L E A I R F Y V S F A C T F N F H K N M E I M E G N A K I M K F   :   2 4 2
                              T   y W h                 l   g 2 G   h     1   k           l     L k 4   L Y L C L   s 6 N   L E A I R F Y V S F A C 3 F a F a e   r E   M E G N A K I 6 4 l            
                                                                                                                                                                                                       
                                      *               2 6 0                   *               2 8 0                   *               3 0 0                   *               3 2 0                    
R I R 2 _ E C O L I   :   I A R D E A L H L T G T Q H M L N L L R S G A D D P E M A E I A E E C K Q E C Y D L F V Q A A Q Q E K D W A D Y L F R D G S M I G L N K D I L C Q Y V E Y I T N I   :   3 1 5
R I R 2 _ B U C A I   :   I A R D E A L H L T G T Q H I L N L L S N I K N N E N M E D V V L E C K E E A I N I F I S A A Q Q E K K W A S Y L F K S G S M L G L N K D I L C Q Y I E Y I T N I   :   3 1 5
R I R 2 _ B U C A P   :   I A R D E A L H L T G T Q H I L N I L N N E K N N E N M K N T V L E C R E E A I K I F I S A S E Q E K K W A K Y L F Q D G S M L G L N K D I L C Q Y I E Y I T N I   :   3 1 5
R I R 2 _ B U C B P   :   I A R D E A L H L T S T Q H I L N I L H N D K N N E G M S D I S K E C Y E E C Y H L F I R V S D Q E K I W A K Y L F Q N G S M L G L N Q E I L S Q Y I E Y I T N I   :   3 1 5
R I R 2 _ B P T 4     :   I A R D E Q L H L K G T Q Y I I R Q L Q S G T D G D E W V K I A Q E C E Q E A V D I F M E V N R Q E K D W A V H L F K D G D V P G L N T N S M W S F I D Y L T V S   :   3 2 3
                          I A R D E a L H L t g T Q h 6 6 n   L         1       m           E C   2 E       6 F 6         Q E K   W A   y L F     G s 6   G L N     i 6   q 5 6 e Y 6 T n i            
                                                                                                                                                                       
                                    *               3 4 0                   *               3 6 0                   *               3 8 0                              
R I R 2 _ E C O L I   :   R M Q A V G L D L P F Q T R - - S N P I P W I N T W L V S D N V Q V A P Q E V E V S S Y L V G Q I D S E V D T D D L S N F Q L - -   :   3 7 6
R I R 2 _ B U C A I   :   R M H A I G F K M P F K K Q - - S N P I P W I N D W L T S D N I Q I A P Q E T E I S S Y L V G Q I D S E V S D N E F K K F E L - -   :   3 7 6
R I R 2 _ B U C A P   :   R M H A I G F K M P F E K T - - S N P I P W I N S W L N S D Y I Q A A P Q E T E I S S Y L V G Q I E S E I S N Q E F K N F K L - -   :   3 7 6
R I R 2 _ B U C B P   :   R M K A I G L P S P F K I L - - S N P I P W I N S W L I S D N V Q V A P Q E I S V S S Y L I G Q I N S E I N D S D F E K F K L - -   :   3 7 6
R I R 2 _ B P T 4     :   R M K Q C G L P C P I T D A P V K H P Y P W I R E Y L N S D N V Q S A P Q E V E L S S Y L V A Q I D N D V D D K V M M S F K K Y F   :   3 8 8
                          R M   a   G       P f           s n P i P W I n   5 L   S D n 6 Q   A P Q E   e 6 S S Y L 6 g Q I   s e 6               F   l                                                

Изображение 3D-структуры белка RIR2_ECOLI.

  Изображение создано с помощью программы RasMol. Белок показан в остовной модели, а лигад — в шариковой модели. Остатки в зоне контакта представлены в виде шарнирных моделей. На рисунке показана одна субединица.

P.S. Прошу прошения, но, увы более удачного ракурса я не нашёл.

Из выравнивания видно что все контактирующие с лигандом остатки консервативны на 100%. Эти остатки: гистидин 118 и 241, глутаминовая кислота 115, 204 и 238, аспарагиновая кислота 84, фенилаланин 208, глутамин 87, изолейцин 234, триптофан 111. Также из выравнивания можно узнать расположение остатков. В основном они разбросаны в середине последовательности.

В начало страницы.
На страницу оглавления.

©Кулагин Константин, 2005