Реконструкция филогенетических деревьев.

1.Построение матрицы попарных расстояний.

Содержание документа ortho.dist

RIR2_ECOLI     0.00000  0.28816  0.32343  0.30650  0.73186
RIR2_BUCAI     0.28816  0.00000  0.13860  0.25355  0.81607
RIR2_BUCAP     0.32343  0.13860  0.00000  0.25300  0.83511
RIR2_BUCBP     0.30650  0.25355  0.25300  0.00000  0.82552
RIR2_BPT4      0.73186  0.81607  0.83511  0.82552  0.00000

2.Реконcтрукция неукоренённого дерева методом Neighbor-Joining.

Скобочная формула:

((RIR2_BUCAI:0.06265,RIR2_BUCAP:0.07595):0.05718,RIR2_BUCBP:0.12680,(RIR2_ECOLI:0.10616,
RIR2_BPT4:0.62570):0.07328);

Дерево:

     +---RIR2_BUCAI
  +--2  
  !  +----RIR2_BUCAP
  !  
--3-------RIR2_BUCBP
  !  
  !   +------RIR2_ECOLI
  +---1  
      +-------------------------------------RIR2_BPT4 

3.Реконcтрукция укоренённого ультраметрического дерева методом UPGMA.

Скобочная формула:

((RIR2_ECOLI:0.15302,((RIR2_BUCAI:0.06930,RIR2_BUCAP:0.06930):0.05734,
RIR2_BUCBP:0.12664):0.02638):0.24805,RIR2_BPT4:0.40107);

Дерево:

                 +--------RIR2_ECOLI
                 !  
  +--------------3      +---RIR2_BUCAI
  !              !  +---1  
  !              +--2   +---RIR2_BUCAP
--4                 !  
  !                 +-------RIR2_BUCBP
  !  
  +-----------------------RIR2_BPT4 

4.Нахождение предположительного корня неукоренённого дерева.

В начало страницы.
На страницу оглавления.