Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей.

Матрицы переходов.

Глобальное выравнивание.

Последовательности:
1. AYTT первые 4 аминокислотных остатка моего белка — RIR2_ECOLI.
2. ATHTR первая последовательность с 2 заменами и 1 вставкой.

Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: Вес совпадения = 2; Вес замены = -1; Штраф за делецию = -2. Оптимальный путь выравнивания выделен зелёным цветом. Выравнивание, соответствующие оптимальному пути: seq1 1 A-YTT 4 | .|. seq2 1 ATHTR 5 Вес пути — 0.

Локальное выравнивание.

Последовательности:
1. YTQTK 2,3,7,8,9 аминокислотные остатки моего белка — RIR2_ECOLI.
2. AYTTFSQTK первые 9 аминокислотных остатка моего белка — RIR2_ECOLI.

Параметры, использовавшиеся при построении матрицы: Вес совпадения = 2; Вес замены = -1; Штраф за делецию = -2. Оптимальный путь выравнивания выделен зелёным цветом. Субоптимальный путь выравнивания выделен красным цветом. Оптимальный путь Субоптимальный путь seq1 YT || seq2 YT seq1 QTK ||| seq2 QTK Вес пути равен 4. Вес пути равен 6.

Влияние параметров на глобальное выравнивание.

RIR2_ECOLI 1 AYTTFSQTKNDQLKEPMFFGQPVNVARYDQQKYDIFEKLIEKQLSFFWRP 50 |||||||||||||:...|: |:.|. Thirdprot 1 AYTTFSQTKNDQLEAIRFY---VSFAC 24 RIR2_ECOLI 51 EEVDVSRDRIDYQALPEHEKHIFISNLKYQTLLDSIQGRSPNVALLPLIS 100 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 101 IPELETWVETWAFSETIHSRSYTHIIRNIVNDPSVVFDDIVTNEQIQKRA 150 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 151 EGISSYYDELIEMTSYWHLLGEGTHTVNGKTVTVSLRELKKKLYLCLMSV 200 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 201 NALEAIRFYVSFACSFAFAERELMEGNAKIIRLIARDEALHLTGTQHMLN 250 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 251 LLRSGADDPEMAEIAEECKQECYDLFVQAAQQEKDWADYLFRDGSMIGLN 300 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 301 KDILCQYVEYITNIRMQAVGLDLPFQTRSNPIPWINTWLVSDNVQVAPQE 350 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 351 VEVSSYLVGQIDSEVDTDDLSNFQL 375 Thirdprot 25 24

Параметры выравнивания: Матрица — BLOSUM62 Штраф за открытие делеции     10.0 Штраф за продолжение делеции 1.0

RIR2_ECOLI 1 AYTTFSQTKNDQLKEPM-FFGQPVNVARYDQQKYDIFEKLIEKQLSFFWR 49 ||||||||||||| |.: |: |:.|. Thirdprot 1 AYTTFSQTKNDQL-EAIRFY---VSFAC 24 RIR2_ECOLI 50 PEEVDVSRDRIDYQALPEHEKHIFISNLKYQTLLDSIQGRSPNVALLPLI 99 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 100 SIPELETWVETWAFSETIHSRSYTHIIRNIVNDPSVVFDDIVTNEQIQKR 149 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 150 AEGISSYYDELIEMTSYWHLLGEGTHTVNGKTVTVSLRELKKKLYLCLMS 199 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 200 VNALEAIRFYVSFACSFAFAERELMEGNAKIIRLIARDEALHLTGTQHML 249 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 250 NLLRSGADDPEMAEIAEECKQECYDLFVQAAQQEKDWADYLFRDGSMIGL 299 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 300 NKDILCQYVEYITNIRMQAVGLDLPFQTRSNPIPWINTWLVSDNVQVAPQ 349 Thirdprot 25 24 RIR2_ECOLI 350 EVEVSSYLVGQIDSEVDTDDLSNFQL 375 Thirdprot 25 24

Параметры выравнивания: Матрица — BLOSUM62 Штраф за открытие делеции     1.0 Штраф за продолжение делеции 1.0


Выше приведены выравнивания двух аминокислотных последовательностей.
• 1^ая—мой белок RIR2_ECOLI.
• 2^ая—2 последовательности (12 аминокислотных остатков) вырезанных из моего белка.

Как можно было заметить выравнивания различаются:
1. У выравниваний различаются значения Штраф за открытие делеции (10.0 и 1.0).
2. У второе выравнивание содержит на два гепа больше, чем первое. Поэтому оно содержит 6 замен вместо 8.
3. Вес второго выравнивания больше, чем вес первого (81.0 и 65.0 соответственно).
Пункты 2 и 3 обясняются более мягкими условиями для второго выравнивания. Такие условия были созданы из-за разности значения Штраф за открытие делеции.


В начало страницы.
На страницу оглавления.

---

©Кулагин Константин, 2005