Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку RIR2_ECOLI

Идентификатор блока — IPB000293A
Количество последовательностей — 43
Ширина блока — 55

Фрагмент изображения множественного выравнивания блока создан с помощью программы GeneDoc.
Цветом отображена степень консервативности колонок в соответствии с 4 уровнями консервативности:

более 80% идентичности —
более 60% идентичности —
более 40% идентичности —
ниже 40% идентичности —

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока IPB000293A из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	n_αβ	p_αβ	q_α	q_β	s_αβ
P,P	98	0,0024	0,017	0,017	6
P,T	23	0,00057	0,017	0,0304	-2
P,F	74	0,0018	0,017	0,034	1

Условные обозначения:
N — общее число пар;
n_αβ — общее количество пар в выравнивании;
p_αβ — частота пары;
q_α — частота аминокислоты α в паре;
q_β — частота аминокислоты β в паре;
s_αβ — вес аминокислотной замены.

Формулы для вычисления весов замен:
N = 40370;
p_αβ = n_αβ/N;
q_α = p_αα + Σ(p_αβ/2) — сумма берётся по остальным 19 остаткам;
s_αβ = 2*log₂(p_αβ/q_α*q_β) при α = β, или s_αβ = 2*log₂(p_αβ/2*q_α*q_β) иначе.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	n_αβ	p_αβ	q_α	q_β	s_αβ
P,P	5723846	0,025	0,047	0,047	7
P,T	792646	0,0035	0,047	0,0496	1
P,F	359647	0,0016	0,047	0,0512	-1

Условные обозначения и расчётные формулы — те же; N = 229168446.

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот	Блок IPB000293A	200 блоков	BLOSUM62
P,P	6	7	7
P,T	-2	1	-1
P,F	1	-1	-4

Вес замены одной аминокислоты на другую отражает вероятность гомологии между ними в реальных аминокислотных последовательностях.
Рассчитанные веса замен по 200 блокам выравниваний гораздо ближе к данным blosum62, чем рассчитанные по одному блоку. Это объясняется гораздо большим количеством пар аминокислотных остатков, учитываемых в рассчете вероятностей, поэтому статистика по 200 блокам близка к статистике blosum62. В тоже время на практике это утверждение может не всегда выполняться.

В начало страницы.
На страницу оглавления.