Эволюционная модель

   Для построения эволюционной модели был взят ген белка RIR2_ECOLI, затем в него были внесены мутации так, чтобы получившиеся последовательности можно было соотнести с узлами и листьями заданного филогенетического дерева, а последовательность белка RIR2_ECOLI — с корнем.    Изображение заданного дерева, на котором расстояния указаны как число мутаций на 100 пар нуклеотидов.

   Длина гена белка RIR2_ECOLI равна 1131 нуклеотида.
   Был проведён анализ филогенетического дерева, результаты приведены в отчете.
   Затем с помощью программы msbar были внесены мутации в белок RIR2_ECOLI, их количество было определено в соответствии с деревом с учётом длины гена.
   Ниже представлен полный текст скрипта:

msbar RIR2_ECOLI.fasta 5_165.fasta -point 4 -count 165 -auto msbar RIR2_ECOLI.fasta 2_88.fasta -point 4 -count 88 -auto msbar 2_88.fasta 3_297.fasta -point 4 -count 297 -auto msbar 2_88.fasta D_1012.fasta -point 4 -count 1012 -auto msbar 5_165.fasta E_935.fasta -point 4 -count 935 -auto msbar 5_165.fasta F_935.fasta -point 4 -count 935 -auto msbar 3_297.fasta 4_330.fasta -point 4 -count 330 -auto msbar 3_297.fasta C_715.fasta -point 4 -count 715 -auto msbar 4_330.fasta A_385.fasta -point 4 -count 385 -auto msbar 4_330.fasta B_385.fasta -point 4 -count 385 -auto

   Комментарии к скрипту:
   "-point 4" означает, что в качестве изменений нуклеотидной последовательности присутствуют только замены;
   "-auto" означает, что параметры для мутаций по блокам и по кодонам будут взяты по умолчанию (не будут производиться).

В начало страницы.
На главную страницу.