Используя данный график, было произведено предсказание трансмембранных сегментов; это
предсказание было сопоставлено с предсказанием программы TMHMM, а также с данными ресурса OPM о топологии
прототипа заданного белка — ADT_ANOGA. Последовательности этих белков были
найдены в базе данных Swiss-Prot по ID. Вес выравнивания, полученного с помощью программы
needle при параметрах по умолчалию, — 1174.0, процент идентичности последовательностей — 73.8%.
Координаты трансмембранных участков в аминокислотной последовательности по данным трёх источников
также приведены в файле profile.xls.
При построении топологии вручную изначально длина спирали принималась равной
20 аминокислотным остаткам, её центр соответствовал пику на профиле гидрофобности, но и ширина
участка с довольно высоким средним значением гидрофобности должна была приблизительно равняться 20 остаткам.
Определённые таким образом координаты немного редактировались на концах (выбрасывались заряженные
остатки на концах спиралей или к спиралям добавлялись близлежащие гидрофобные остатки).
Помимо этого, в соответствии с правилом фон Хейне, гласящем, что немембранные участки белка,
лежащие в цитоплазме, содержат больше положительно заряженных остатков (K и R), чем те, что лежат на внешней стороне мембраны,были предсказаны внешние и внутренние петли. Это же предсказание было сделано с помощью программы TMHMM, а
также после анализа координат трансмембранных сегментов, содержащихся в базе данных OPM. Результаты работы
представлены в виде трёх новых последовательностей, присоединённых к выравниванию белков ADT_ANOGA и ADT1_BOVIN;
их названия — Manual, TMHMM и OPM (в порядке перечисления). Трансмембранные спирали обозначены буквами H,
участки белка, находящиеся на внутренней стороне мембраны — знаком +, а участки с внешней стороны —
знаком –.
Выравнивания находятся в файле
marking.msf.
Копия страницы, выданной прграммой TMHMM находится здесь. Помимо приведённых координат предполагаемых трансмембранных, внутренних и наружных участков белка, программа выдаёт график, на котором показана зависимость вероятности вхождения аминокислоты в один из трёх видов участков белка от её номера в последовательности.
| По профилю гидрофобности | TMHMM | ||
| Всего предсказано остатков в спиралях (N) | 101 | 44 | |
| Из них | |||
| А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны | 98 | 44 | |
| В. Из них — "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей | 3 | 0 | |
| С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям | 0 | 0 | |
| D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране. | 41 | 95 | |
| Точность предсказания, A/N | 0,9702 | 1 | |
| Сверхпредсказание, C/N | 0 | 0 | |
| Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности (301 а.о.) | 0,205 | 0,3696 | |
Из полученных результатов видно, что в данном случае метод предсказания топологии трансмембранного белка по профилю гидрофобности является много более точным, чем метод, используемый программой TMHMM. Программа TMHMM не определила многие спирали так как предсказанные в ручную пики в основном не превосходили значение 1,8, а программа не определяла эти пики.
В начало страницы.
На главную страницу.