Для построения структурного выравнивания использовалась структура 5A77 из предыдущих практикумов, а также 4 из 5 структур из выдачи PDBeFold. Выравнивание строилось по цепи A, поскольку цепи идентичные.
Рис. 1. Выравнивание вторичной структуры
Структурное выравнивание получилось практически совпадающим, за исключением альфа-спиралей на C-конце.
Рис. 2. Структурное выравнивание
Было построено также выравнивание последовательностей программой Muscle. Начиная с 9 позиции и до 100 выравнивания совпадают, после чего выравнивание Muscle отмечает участок из 4 аминокислот, как вставку, а структурное выравнивание содержит этот участок выравненным с остальными последовательностями.
Рис. 3. Выравнивание программой Muscle (сверху) и структурное выравнивание (снизу).
Если посмотреть на этот участок в структурном выравнивании, можно увидеть, что участок (фиолетовый), выведенный как вставка в выравнивании Muscle, находится в составе альфа-спирали, а соседние аминокислоты из других структур находятся за пределами (синий). То есть, как это ни парадоксально, выравнивание Muscle является в данной ситуации структурно более верным, чем структурное выравнивание.
Рис. 4. Участок, образующий вставку на выравнивании Muscle (фиолетовый) и соседи по выравниванию из других последовательностей (синий)