A- и В- формы ДНК. Структура РНК


  1. A-форма ДНК B-форма ДНК Z-форма ДНК

    Разрыв в ДНК структуре файла 1lq1 найден, между цепями E,F,G,H. Координаты разрыва.
    DT1:G----DT 16:E
    DG129:H--DC116:F


  2. Упражнение 1
    Выбрал нуклеотид DC 32 из цепи B
    1. В сторону большой борозды обращены атомы C32.C4, C32.C5, C32.C6, C32.N4
    2. В сторону малой борозды обращены атомы C32.N3, C32.C2, C32.O2
    3. Ну и все собственно. C32.N1 - не обратим)
    Упражнение 2
      A-форма B-форма Z-форма
    Тип спирали (правая или левая) праваяправаялевая
    Шаг спирали (Å) 28,0333,7543,5
    Число оснований на виток 111012
    Ширина большой бороздки 16,81 17,91 17,60
    Ширина малой бороздки 7,9811,697,20

    Упражнение 3
    Торсионные углы для цитозина α β γ δ ε ξ χ
    А-форма -51,69 174,79 41,68 79,09 -174,84 -75,06 -157,18
    B-форма -29,87 136,32 31,14 143,35 -140,76 -160,49 -97,95

  3. Упражнение 1(C)
    Торсионные углы α β γ δ ε ξ χ
    А-форма -51,7 174,8 41,7 79,1 -174,8 -75,1 -157,2
    B-форма -29,9 136,4 31,1 143,4 -140,8 -160,5 -98
    Z-форма -139,5 -136,8 50,9 137,6 -96,5 82 -154,3

    Ссылка на книгу Excel Сам – нуклеотид 7С

    Упражнение 2
    1)Стебли:
    Акцепторный (желтый)
    1 | B:.601_:[..G]G-----C[..C]:.672_:B
    2 | B:.602_:[..G]G-----C[..C]:.671_:B
    3 | B:.603_:[..A]A-----U[..U]:.670_:B
    4 | B:.604_:[..G]G-*---U[..U]:.669_:B
    5 | B:.605_:[..C]C-----G[..G]:.668_:B
    6 | B:.606_:[..G]G-----C[..C]:.667_:B
    7 | B:.607_:[..G]G-----C[..C]:.666_:B
    Т-стебель (оранжевый и синий)
    8 | B:.649_:[..G]G-*---P[PSU]:.665_:B
    9 | B:.650_:[..C]C-----G[..G]:.664_:B
    10 | B:.651_:[..G]G-----C[..C]:.663_:B
    11 | B:.652_:[..G]G-----C[..C]:.662_:B
    12 | B:.653_:[..G]G-----C[..C]:.661_:B
    D-стебель (коричневый)
    22 | B:.610_:[..G]G-*---U[..U]:.625_:B
    23 | B:.611_:[..U]U-----A[..A]:.624_:B
    24 | B:.612_:[..U]U-----A[..A]:.623_:B
    25 | B:.613_:[..C]C-----G[..G]:.622_:B
    Антикодоновый стебель (зел)
    15 | B:.638_:[..C]C-*---C[..C]:.632_:B
    16 | B:.639_:[..G]G-----C[..C]:.631_:B
    17 | B:.640_:[..C]C-----G[..G]:.630_:B
    18 | B:.641_:[..A]A-----U[..U]:.629_:B
    19 | B:.642_:[..G]G-----C[..C]:.628_:B
    20 | B:.643_:[..G]G-----C[..C]:.627_:B
    21 | B:.644_:[..G]G-*---A[..A]:.626_:B
    2)Неканонические пары оснований:
    4 | B:.604_:[..G]G-*---U[..U]:.669_:B
    8 | B:.649_:[..G]G-*---P[PSU]:.665_:B
    13 | B:.654_:[5MU]u-**--A[..A]:.658_:B
    14 x B:.655_:[PSU]P-**+-G[..G]:.618_:B
    15 | B:.638_:[..C]C-*---C[..C]:.632_:B
    21 | B:.644_:[..G]G-*---A[..A]:.626_:B
    22 | B:.610_:[..G]G-*---U[..U]:.625_:B
    26 | B:.614_:[..A]A-**--u[4SU]:.608_:B
    27 x B:.615_:[..G]G-**+-C[..C]:.648_:B
    3)Стабилизирующие структуру
    14 x B:.655_:[PSU]P-**+-G[..G]:.618_:B
    26 | B:.614_:[..A]A-**--u[4SU]:.608_:B
    27 x B:.615_:[..G]G-**+-C[..C]:.648_:B
    28 + B:.619_:[..G]G-----C[..C]:.656_:B

    Упражнение 3

    Наиболее крупные значения перекрывания - step4, step12. Есть две пары с нулевыми значениями.
    ©Джумашев