2. Время образования бислоя, площадь одного липида, гидрофильность и гидрофобность поверхности
Для данных расчетов файлы обработали в Excel файле - bilip.xlsx
В приближении начала образования бислоя с 60 модели можно сказать что оно произошло через 29000,00000 фемтосекунд.
Площадь занимаемая одним липидом рассчитывается из данных файла - box_1.xvg. Далее берутся значения по осям не являющимся нормалями и
эти значения усредняются на 1 липид. Получилось, что площадь равна - 0,737864902 нм.
Изменение гидрофильности и гидрофобности видно на рисунке полученном из файла sas_b.xvg
3. Мера порядка
Традиционной мерой оценки фазового состояния бифильных молекул является мера порядка. Файлы: ord_start.xvg, ord_start.xvg
 |
Начало траектории характеризуется подвижной мерой порядка, но с заметным возрастанием |
 |
Конец траектории характеризуется возрастающей мерой, но порядок значений другой |
4. Общие параметры моделирования
-Силовое поле - ffgmx.
-Размер и форма ячейки: прямоугольный параллелепипед со сторонами 6.26000, 4.44300 и 5.77800 нм.
Минимизация энергии:
-Алгоритм минимизации энергии: integrator= l-bfgs
-Алгоритм расчёта электростатики: coulombtype=Cut-off
-Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: vdw-type=Cut-off
-Модель, которой описывался растворитель: spc.itp
-Утряска растворителя:
-Число шагов: 10000.
-Длина шага: 0.001 пс.
-Алгоритм расчёта электростатики: coulombtype=pme
-Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: vdw-type=Cut-off
-Алгоритм термостата: Tcoupl=Berendsen
-Алгоритм баростата: Pcoupl=no
Основной расчёт МД:
-количество процессоров - 16.
-Длина траектории: 50 нс.
-Число шагов: 10000000.
-Длина шага: 0.005 пс.
-Алгоритм интегратора: md.
-Алгоритм расчёта электростатики:coulombtype= pme
-Алгоритм расчета Ван-дер-Ваальсовых взаимодействий: vdw-type=Cut-off
-Алгоритм термостата (контроль температуры "Velocity rescale"): Tcoupl=v-rescale
-Алгоритм баростата:Pcoupl=Berendsen
©Джумашев
