Занятие 5.Genome Ontology
1) Описание функции белка ABNA_BACSU (AC P94522) с помощью аннотации Gene Ontology
| Онтология GO (название словаря) | Количество разных ассоциированных терминов GO | Функция белка (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
|
|---|---|---|---|
| Где | Component | 2 | внеклеточная область |
| Зачем, для чего | Process | 2 | метаболизм углеводов, метаболические процессы |
| Молекулярный механизм | Function | 5 | гидролазная активность;гидролазная активность в гликозидных связязх; арабино эндо-1,5-альфа-Л-арабинозидазная активность; гидролазная активность,действующая на свззь О-гликозид. |
| Специфичность |
| GO ID выбранного термина | Список синонимов | Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи | Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
|---|---|---|---|
| GO:0005975 | exact: carbohydrate metabolism |
biological_process metabolic process primary metabolic process |
|
| GO:0046558 | exact: 1,5-alpha-L-arabinan 1,5-alpha-L-arabinanohydrolase activity exact: endo-1,5-alpha-L-arabinanase activity exact: endo-alpha-1,5-arabanase activity exact: endo-arabanase activity |  |
- |
| GO:0005576 | exact: extracellular | cellular_components | GO:0048046 apoplast [398639 gene products] GO: 0044421 exrtacellular region pert [10148 gene products] |
Изображения соответствующих графов:
3)Описание протеома бактерии Xenorhabdus bovienii SS2004
-число белков=4362, используя SRS в банке UniProt,был получен результат:4137 белков.
-2414 (55,34%) белкам присвоены термирны GO
Распреденеление терминов по словарям:
Чаще всего встречаются термины из словаря "функция" (4078)
Самые встречающиеся термины:
-словарь "локализация": GO:0005737 (цитоплазма) - 330 раз,
GO:0016021 (стоставлюящий компонент мембраны) - 300 раз,
GO:0005886 (плазматическая мембрана)- 173 раза
-словарь "функция": GO:0003677 (связывание с ДНК) -313 раз,
GO:0003700 (специфичное связывание ДНК транскрипционным фактором) 99 раз,
GO:0005215 (транспорная активность) -90 раз
-словарь "процесс": GO:0006351 (транскрипция, ДНК-зависимый) - 101 раз
GO:0006313 (танснпозиция,ДНК-опосредованная) 75 раз,
GO:0006508 (протеолиз) - 71 раз.
Данные были получены с помощью EXCEL
4)Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Заданный таксон: Рис (лат. Ory'za, англ. Rice)
NCBI_TaxID:4527
Такснономия:
Eukaryota; Viridiplantae; Streptophyta; Liliopsida; commelinids; Poales; Poaceae; Ehrhartoideae; Oryzeae
Заданная функция: синтез пиримидинов ( pyrimidine biosynthesis )
Выбранный GO ID: GO:0019856 (pyrimidine base biosynthetic process),тип словаря: P