Гидрофобные кластеры
Поиск гидрофобных кластеров в 5lpc
Запустили программу CluD для структуры 5lpc. Когда порог был маленьким, она выделяла 15-25 кластеров длиной 3-4 атома, и они были беспорядочно разбросаны по всей структуре. Подходящим оказался порог 3.9 Å. Тогда обнаружилось 72 кластера, и я отобрала из них 10 кластеров, содержащих более 10 атомов. Такие кластеры уже выглядели более осмысленно (рис. 1). Гидрофобные кластеры находятся скорее внутри глобулы, как и должно быть в клетке.
Рис. 1. Большие гидрофобные кластеры в 5lpc (белые сферы). Содержат от 10 до 24 атомов.
Поиск гидрофобных кластеров между субъединицами белка
Поиск гидрофобных кластеров на интерповерхности двух мономеров белка 1BDH — см. последнюю картинку практикума 10.