Excel-1
Общая информация о плазмидах
Плазмиды — небольшие молекулы ДНК, физически отдельные от геномных хромосом и способные реплицироваться автономно. Как правило, плазмиды встречаются у бактерий и представляют собой двухцепочечные кольцевые молекулы, но изредка плазмиды встречаются также у архей и эукариот. В природе плазмиды обычно содержат гены, повышающие устойчивость бактерии к неблагоприятным внешним факторам, нередко они могут передаваться от одной бактерии к другой и, таким образом, служат средством горизонтального переноса генов. Плазмиды характеризуются различной величиной. Если самые маленькие плазмиды содержат менее 2 тысяч пар оснований, то мегаплазмиды включают сотни тысяч пар оснований (обычно до 600 тыс.).Некоторые виды плазмид могут содержать множество различных плазмид, так что их суммарный генетический материал превосходит по размеру таковой у самой бактерии [1].
В роде (Ruminiclostridium), к которому принадлежит моя бактерия Ruminiclostridium thermocellum DSM 1313, всего три плазмиды: рЕВМ130, рЕВМ113, рЕВМ107. В виде thermocellum три те же плазмиды. Длина самой короткой плазмиды(Kb)=0.537. Длина самой длинной плазмиды(Kb)=2580.08. Средняя длина плазмид=87.5. Медиана длин плазмид= 30.66.
Род из названия организма извлекала в два этапа: сначала выбираем первые слова с заглавной буквы, и если первый символ – кавычка, скобка или строчная буква, ставим прочерк, если первое слово Candidatus, то исключаем его. По формуле: =ЕСЛИ(ЕСЛИОШИБКА(ПОИСК("'";H2;1)=1;ПРОСМОТР($A2;$A:$A;H:H))=ИСТИНА;"-";ЕСЛИ(ЕСЛИОШИБКА(ПОИСК("[";H2;1)=1;ПРОСМОТР($A2;$A:$A;H:H))=ИСТИНА;"-";ЕСЛИ(СОВПАД(ПСТР(H2;1;1);ПСТР(ПРОПНАЧ(H2);1;1))=ЛОЖЬ;"-";ЕСЛИ(ПСТР(H2;1;11)="Candidatus ";ПСТР(H2;12;100);H2)))). Потом выбираем из новой колонки первое слово, по формуле: =ЕСЛИ(E2="-";"-";ЛЕВСИМВ(E2;НАЙТИ(" ";E2;1))).
Сводную таблицу строила с помощью встроенной функции "Сводная таблица". Первая колонка соответствует колонке Род организма-хозяина из plasmids, вторая содержит количество плазмид для каждого рода из колонки Название плазмид в plasmids.
Ссылки:
[1] Информация о плазмидах с сайта: https://ru.wikipedia.org/wiki/Плазмиды© Кузнецова Ксения, 2015