Мой PDB ID: 7AZN. Остаток, которому соответствует минимальное значение B-фактора, является частью бэта-листа. Этот
остаток является аланином 399. У него есть небольшой слабоподвижный в пространстве (из-за маленького размера)
боковой радикал. Сам аминоксилотный остаток расположен в стабильном бэта-листе. Значение B-фактора равно 24.4.
Остаток, которому соответсвует максимальное значение B-фактора, находится в петле. Это довольно подвижная
структура. У Gln'461 есть длинный боковой радикал, которой расположен на поверхности глобулы. Этот
радикал как раз таки и подвижен. Соответсвенно, среднее значение B-фактора у него высокое: 69.27.
Разброс значений атомов остатка такое: 57.49, 66.68, 68.04, 68.11, 70.4 , 68.55, 73.01, 76.07, 75.09.
Ближе к концу бокового радикала величина B-фактора максимальная для данного остатка.
Рис 1.Белок с выделенными остатками: с наименьшим B-фактором - Ala'399 и с наибольшим
B-фактором - Gln'461.
Задание 2. Prody и B-факторы часть 2
На точечной диаграмме видна общая тенденция возрастания B фактора при увеличении расстояния
от центра масс остатка до центра масс белка, хотя точки расположены довольно рассеяно. Хочется посмотреть,
есть ли между этими факторами какая-либо зависимость. С помощью функции corcoef модуля NumPy я вычислила значения
коэффициента корреляции Пирсона. Оно получилось равным 0,56. Полученное значение показывает положительную корреляцию.
Она означает, что при росте значений х значения y возрастают линейно. Таким образом, можно предположить,
что чем дальше от центра в данном белке находится остаток, тем больше его среднее значение B-фактора.
Рис 2.Scatter plot: зависимость B-фактора остатков от расстояния до центра масс белка.
Задание 3. Как работает восстановление функции электронной плотности по экспериментальным данным.
В данном задании рассматривалась одномерная вселенная на отрезке 30 ангстрем.
Для генерации электронной плотности использовалась функция с параметрами lambda, beta, gamma
и формула: gauss = lambda*exp(-(beta^2)*(X-gamma)^2). Далее в анализе необходимо было использовать
скрипты с целью сравнить функцию с исходной ЭП и определить как именно
неполнота данных из эксперимента влияет на качество восстановления электронной
плотности.
Разрешением полного набора гармоник называется период гармоники с наибольшим
номером, оно определяется как длина отрезка, деленная на номер гармоники.
Для неполного набора данных разрешение зависит собственно от характеристик
"полнота данных". Пример, когда мы не пользуемся определением разрешения для полного
набора данных показан в таблице в последней строке. При добавлении гармоники высокого
порядка мы неожиданно можем получить очень хорошее разрешение, хотя в реальности
сама модель будет несоответствовать такому же разрешению при условии полного набора
данных. Поэтому необходимо придерживаться некоторого высого процента полноты. В примере
расчет велся по гармонике 33, дабы сохранить показатель не ниже 90.
