Филогенетическое дерево


Отобранные бактерии


НазваниеМнемоника
Clavibacter michiganensisCLAMS
Bifidobacterium longumBIFLO
Corynebacterium diphtheriaeCORDI
Leifsonia xyliLEIXX
Mycobacterium lepraeMYCLE
Mycobacterium tuberculosisMYCTU
Mycolicibacterium vanbaaleniiMYCVP
Streptomyces avermitilisSTRAW

Скобочная формула дерева


((((LEIXX, CLAWS), BIFLO), STRAW), (((MYCLE, MUCTU), MYCVP), CORDI));


Изображение дерева


Филогенетическое дерево

Ветви дерева


Дерево включает следующий набор нетривиальных ветвей:

  1. {LEIXX, CLAMS} против {BIFLO, STRAW, CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU}
  2. {LEIXX, CLAMS, BIFLO} против {STRAW, CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU}
  3. {LEIXX, CLAMS, BIFLO, STRAW} против {CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU}
  4. {LEIXX, CLAMS, BIFLO, STRAW, CORDI} против {MYCVP, MYCLE, MYCTU}
  5. {LEIXX, CLAMS, BIFLO, STRAW, CORDI, MYCVP} против {MYCLE, MYCTU}

Реконструкция филогении


Таксономия

мнемоникародсемействопорядоккласс
CLAMSClavibacterMicrobacteriaceaeMicrococcalesActinomycetia
BIFLOBifidobacteriumBifidobacteriaceaeBifidobacterialesActinomycetia
CORDICorynebacteriumCorynebacteriaceaeCorynebacterialesActinomycetia
LEIXXLeifsoniaMicrobacteriaceaeMicrococcalesActinomycetia
MYCLEMycobacteriumMycobacteriaceaeCorynebacterialesActinomycetia
MYCTUMycobacteriumMycobacteriaceaeCorynebacterialesActinomycetia
MYCVPMycolicibacteriumMycobacteriaceaeCorynebacterialesActinomycetia
STRAWStreptomycesStreptomycetaceaeStreptomycetalesActinomycetia

Из таксономических данных имеем, что все рассматриваемое дерево принадлежит классу Actinomycetia, нетривиальная ветвь {LEIXX, CLAMS} выделяет порядок Micrococcales, ветвь {MYCLE, MYCTU} - род Mycobacterium, ветвь {MYCVP, MYCLE, MYCTU} - семейство Mycobacteriaceae и ветвь {CORDI, MYCVP, MYCLE, MYCTU} - порядок Corynebacteriales.

Дополнительное задание на работу с программой FastME на странице по ссылке