Задание 1
С помощью программы fiber пакета 3DNA были получены структуры:
Задание 2
В сторону большой бороздки обращены атомы DA2: C2, N3, C4, N9, C8.
В сторону малой бороздки обращены атомы DA2: N7, C5, C6, N6, N1.
| А-форма | В-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 30,97 | 33,78 | 43,62 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 15.76 ([DT]7:B.P #403 - [DG]11:A.P #197) | 17.53 ([DG]4:A.P #58 - [DA]18:B.P #345 | 18.3 ([DC]14:B.P #269 - [DC]4:A.P #64) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 11.04 ([DC]4:A.P #55 - [DG]5:B.P #359) | 9.99 ([DC]21:B.P #406 - [DT]8:A.P #142) | 7.2 ([DG]15:B.P #288 - [DG]9:A.P #165) |
Эксперементальная Z ДНК оказалась слишком короткой, чтобы провести измерения, поэтому я привел данные ранее сгенерированнной цепочки.
Задание 3
Упражнение 2
Файл с информацией по водородным связям: тык
Стебли вторичной структуры (501-507)(572-566), (549-553)(565-561), (538-544)(532-526), (510-513)(525-523).
Неканонические пары оснований: G502-U571, U554-A558, U555-G518, A538-C532, A544-G526, U513-G522, A514-U508, G515-C548.
Дополнительные водородные связи: U555-G518, U554-A558, G519-C556, U554-A558, A514-U508, G515-C548, G519-C556.
Упражнение 3
Данные о величине площади "перекрывании" 2-х последовательных пар азотистых оснований: тык. Наидольшее значение наблюдается в 17 GC/GC (13.61), наименьшее ненулевое значение - 7 AG/CU (1.50).
