Uniprot - Proteomes

(Глупый, глупый Кондрат!
Он один и шагал в Ленинград.
А ребята с лукошками,
Шли навстречу ему — В Кострому.)
(К.Чуковский)

Были рассмотрены протеомы двух организмов: Escherichia coli strain K12 и Bifidobacterium adolescentis (strain ATCC 15703 / DSM 20083 / NCTC 11814 / E194a). В Таблице 1 приведены данные, дающие основную информацию об этих протеомах.


>
Таблица1.Основные данные
организм Escherichia coli K12 bifidobacterium adolescentis strain 15703
Uniprot ID UP000000625 UP000008702
Число последовательностей 4313 1629
Число остатков 1351622 599943


Комментарий к таблице1.

Расчет количества последовательностей происходил на основании следующего скрипта: ссылка и был получен ответ:1351630. Когда разработчик все же додумался воспользоваться функцией "wordcount" у него получился ответ 1351622, а т.к. он вовсе не претендует название истины последней инстанции, то и оставил ответ:1351622. Для организма bifidobacterium adolescentis strain значения у скрипта и функции совпадают.



Таблица1.Статистические данные

aa      %,E.coli      %,B.adolescentis         difference
A           9.51              10.67              -1.16
L          10.68               8.69               1.98
G           7.37               7.93              -0.56
V           7.07               7.78              -0.71
D           5.15               6.54              -1.39
S            5.8               6.06              -0.26
R           5.52               5.89              -0.37
T           5.39               5.85              -0.45
E           5.77               5.78              -0.02
I           6.01               5.39               0.62
K           4.41               4.33               0.08
F           3.89               3.49                0.4
Q           4.44               3.49               0.95
N           3.94               3.48               0.46
M           2.82               2.73               0.09
Y           2.84               2.72               0.13
H           2.27               2.25               0.02
W           1.53               1.35               0.19
C           1.16               1.03               0.13


Комментарий к таблице2.

Статистические данные были получены на основании следующего скрипта: ссылка

У бактерий E.coli , B.adolescentis самыми редко встречаемыми остатками оказались гистидин, триптофан и цистеин, самыми часто встречающимися - аланин, лейцин и глицин. Для лейцина разница самая большая в пользу E. coli, для аспартата разница самая большая в пользу B.adolescentis. Разработчик и здесь догадался воспользоваться чудесной функцией и получить следующую таблицу: ссылка. Интересно, что на основании скрипта был получен тот же ответ.

Разработчик приносит свои извинения за чудовищное оформление страницы. Он очень у стал и хотел спать. Он не предсталяет как делать это:"команду его вызова". Все файлы со скриптами, скаченными файлами и таблицами можно найти по адресу:/home/students/y17/lady_mari/term2/pr6/.. Глупый-глупый разработчик. Он ,как Кондрат из стихотворения К.Чуковского, единственный кто, писал скрипты.