A- и В- формы ДНК. Структура РНК
Задание 1
А-форма ДНК
B-форма ДНК
Z-форма ДНК
Задание 2
1. Для выбранного мной гуанина в сторону большой бороздки обращены атомы (выделены красным): O10; C2,8,9; N7
в сторону малой бороздки обращены атомы (выделены синим): C6,4; N1,5,11
2.Таблица.
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (A) 28.0 33.8 42.3
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 16.81 17.21 18.59
[DC]12:A.P #228 [DG]5:A.P #83 [DC]10:A.P #187
[DT]31:B.P #618 [DG]33:B.P #657 [DG]29:B.P #575
Ширина малой бороздки 7.98 11.69 8.68
[DT]31:B.P #618 [DC]40:B.P #802 [DG]17:A.P #329
[DC]4:A.P #64 [DG]5:A.P #83 [DG]29:B.P #575
Задание 3
Упражнение 1
Данные по торсионным углам для тРНК-1dtr и сгенерированных мной цепей ДНК А,В,Z-форм были получены с помощью команды "find_pair -t XXXX.pdb stdout | analyze".
Эти данные обработаны с помощью программы EXCEL(ознакомиться можно по ссылке),
где для каждого торсионного угла была найдена медиана, далее были была получена следующая таблица с использованием
медиан углов:
alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
Strand I
тРНК -64,50 157,55 59,60 80,75 -144,75 -74,85 -164,10
А форма ДНК -51,70 174,80 41,70 79,10 -147,80 -75,10 -157,20
разница с тРНК -12,80 -17,25 17,90 1,65 3,05 0,25 -6,90
среднее значение разницы с тРНК -2,01
В форма ДНК -29,90 136,30 31,10 143,30 -140,80 -160,50 -98,00
разница с тРНК -34,60 21,25 28,50 -62,55 -3,95 85,65 -66,10
среднее значение разницы с тРНК -4,54
Z форма ДНК -69,75 21,15 -61,50 116,25 -100,05 -32,40 -47,80
разница с тРНК 18,05 153,65 103,20 -37,15 -47,75 -42,70 -109,40
среднее значение разницы с тРНК 5,41
Strand II
тРНК -68,25 160,20 58,10 79,75 -146,80 -78,45 -159,15
А форма ДНК -51,70 174,80 41,70 79,10 -147,80 -75,10 -157,20
разница с тРНК -16,55 -14,60 16,40 0,65 1,00 -3,35 -1,95
среднее значение разницы с тРНК -2,63
В форма ДНК -29,90 136,30 31,10 143,30 -140,80 -160,50 -98,00
разница с тРНК -38,35 23,90 27,00 -63,55 -6,00 82,05 -61,15
среднее значение разницы с тРНК -5,16
Z форма ДНК -29,90 136,30 31,10 79,10 -120,43 -58,78 -98,00
разница с тРНК -38,35 23,90 27,00 0,65 -26,38 -19,68 -61,15
среднее значение разницы с тРНК -13,43
Из таблицы видно, что среднее значение медиан торсионных углов менее всего отличаются тРНК у А-формы ДНК. Следовательно,
на А-форму ДНК больше всего похожи тяжи тРНК.
Упражнение 1
Используя программу "find_pair -t XXXX.pdb XXXX.fp", с последующей обработкой были получены такие результаты:
В исследуемой структуре тРНК-1gtr было обнаружено 4 стебля:
I) нуклеотиды 2-7/нуклеотиды 71-66
II) нуклеотиды 49-53/нуклеотиды 65-61
III) нуклеотиды 39-43/нуклеотиды 31-27
IV) нуклеотиды 10-12/нуклеотиды 25-23
Неканонические пары оснований утмечены на картинке черным цветом, перечислим их:
....>B:..54_:[..U]U-**--A[..A]:..58_:B<....
....>B:..55_:[..U]U-**+-G[..G]:..18_:B<....
....>B:..37_:[..A]A-**--U[..U]:..33_:B<....
....>B:..38_:[..U]U-*---U[..U]:..32_:B<....
....>B:..39_:[..U]U-----A[..A]:..31_:B<....
....>B:..40_:[..C]C-----G[..G]:..30_:B<....
....>B:..41_:[..C]C-----G[..G]:..29_:B<....
....>B:..42_:[..G]G-----C[..C]:..28_:B<....
....>B:..43_:[..G]G-----C[..C]:..27_:B<....
....>B:..44_:[..C]C-**--A[..A]:..26_:B<....
....>B:..10_:[..G]G-----C[..C]:..25_:B<....
....>B:..11_:[..C]C-----G[..G]:..24_:B<....
....>B:..12_:[..C]C-----G[..G]:..23_:B<....
....>B:..13_:[..A]A-**+-A[..A]:..45_:B<....
....>B:..14_:[..A]A-**--A[..A]:..21_:B<....
....>B:..15_:[..G]G-**+-C[..C]:..48_:B<....
....>B:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:B<....
В cтруктуре тРНК присутствуют участки, стабилизирующие третичную структуру посредством
дополнительных водородных связей в молекуле
(комплементарная пара вне стебля, на картинке выделена красным)
....>B:..19_:[..G]G-----C[..C]:..56_:B<....