Второй семестр

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Эталонное выравнивание доменов benchmark.msf:


                                                                                                                                       
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *          
P S M R _ A R C F U   :   E K A P S I I F I D E L D A I A A R R T N S D T S G D R E V Q R T - - M M Q L L A E L D G F D P R G   :   4 8
T E R A 1 _ C A E E   :   K N Q P A I L F I D E I D A I A P K R E K T N G E V E R R I V - - - - - S Q L L T L M D G V K G R S   :   4 5
V P S 4 _ S C H P O   :   E Q K P S I I F I D E I D S L C G S R S E G E S E S S R R I K T - - - - E F L V Q M N G V G K D E S   :   4 6
F T S H 3 _ S Y N Y   :   K Q A P C I V F I D E L D A I G K S R A S G A F M G G N D E R E Q T L N Q L L T E M D G F S A A G A   :   5 0
R I X 7 _ Y E A S T   :   S L A P C L V F F D E I D A I T P K R D G G A Q R E M E R R I V A Q L L T S M D E L T M E K T N G K   :   5 0
                                P   6 6 F i D E 6 D a 6       R                                       6                                

Построение дерева по алгоритму UPGMA.

Вычисления и их результаты находятся в файле  UPGMA.xls
На листе DISTANCES - матрица попарных расстояний между последовательностями, а на листе UPGMA - построение скобочной структуры дерева.
Правильная скобочная структура: ((((TERA1_CAEEL:0.315, PSMR_ARCFU:0.315):0.0325,VPS4_SCHPO:0.3475):0.0175,FTSH3_SYNY3:0.365):0.005,RIX7_YEAST:0.37);
По данной структуре дерево было визуализировано с помощью программ drawtree и drawgram (все параметры по умолчанию) из Online-версии пакета Phylip . При использовании программы drawtree получается неукорененное дерево, при использовании программы drawgram - укорененное.


Неукорененное дерево: TERA1_CAEEL и PSMR_ARCFU имеют одного предка. RIX7_YEAST и FTSH3_SYNY3 имеют общего предка. VPS4_SCHPO отстоит от этих 2-х групп.
Укорененное дерево: Предковый белок образовал две ветви: одну для RIX7_YEAST и FTSH3_SYNY3, другую для белка А, который образовал 2 ветви: белок Б и VPS4_SCHPO, и сам белок Б дал 2 ветви: TERA1_CAEEL и PSMR_ARCFU.

Построение дерева по методу  Neighbour-joining

Правильная скобочная структура дерева: ((PSMR_ARCFU:0.33508, (VPS4_SCHPO:0.34568,FTSH3_SYNY3:0.34997):0.02259):0.01415, TERA1_CAEEL:0.35731,RIX7_YEAST:0.37378);
drawtree- неукорененное дерево, drawgram - укорененное дерево.


Неукорененное дерево: TERA1_CAEEL и RIX7_YEAST имеют одного предка. VPS4_SCHPO и FTSH3_SYNY3 имеют общего предка. PSMR_ARCFU отстоит от этих 2-х групп.
Укорененное дерево получилось таким же, как в методе UPGMA.(только с разными эволюционными расстояниями)

Выводы.

Неукорененные деревья получились разными ( в неукорененном дереве расхождение аминокислотных последовательностей произошло в другом месте) и нельзя судить об их достоверности, так как веточки очень короткие (дерево похоже на звезду). Деревья дают нам представление об эволюции аминокислотных последовательностях, а не организмах.
©Лавыш Дарья