Классификация функций. Коды ферментов.

Объяснение, что значит код фермента в классификации IUPAC: 3.1.3.25

EC 3 Гидролазы.
EC 3.1 Действуют на эфирные связи.
EC 3.1.3 Гидролаза моноэфиров фосфорной кислоты.
EC 3.1.3.25 инозитфосфат (C6H13O9P) фосфатаза.
Гидролазы-ферменты, которые катализируют гидролиз различных связей.

Сравнение последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

C помощью SRS по заданному коду нашла в UniProt все ферменты из 3-х хорошо изученных модельных организмов - кишечной палочки Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека Homo sapiens. Использовала принятые короткие имена, что позволило легко отфильтровать разные штаммы Ecoli.
Запрос: ((([uniprot-ID:*_ECOLI] | [uniprot-ID:*_METJA]) | [uniprot-ID:*_HUMAN]) & [uniprot-ECNumber:3.1.3.25])
При поиске по коду убрали wildcards.
Выдача: 6 записей, 3 из человека, 2 из кишечной палочки, 1 из археи.
Имени гена нет только у одной последовательности A2UJH0_ECOLI.
При помощи просмотра результата SW_InterProMatches, который позволяет быстро посмотреть на все мотивы в последовательностях, были обнаружены по одному домену Pfam в каждом белке, кроме Q9UK71_HUMAN, доменная структура кторого, по-видимому, неизвестна.

Сравнение доменной структуры ферментов из далеких организмов

	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Первый домен
	UniProt ID	UniProt AC	Имя гена	Идентификатор Pfam	Положение в последовательности
1	IMPA1_HUMAN	P29218	IMPA1	PF00459	5-277
2	IMPA2_HUMAN	O14732, Q9UJT3	IMPA2	PF00459	15-282
3	SUHB_ECOLI	P0ADG4, P22783, P77511, Q8X2E6	SUHB	PF00459	1-263
4	SUHB_METJA	Q57573	SUHB	PF00459	2-249

Таким образом, все последовательности содержат одинаковый Pfam домен, незначительные различия наблюдаются в длине и положении.

Оценка сходства последовательностей аминокислот в гомологичных доменах.

Благодаря встроенной в SRS программе NeedleP получили попарное выравнивание доменов.
Страничка с выдачей результата.

Таблица, отражающая попарное сходство доменов PF00459:

Домены из	Identity
IMPA1_HUMAN - IMPA2_HUMAN	141/274 (51.5%)
IMPA1_HUMAN - SUHB_ECOLI	88/278 (31.7%)
IMPA1_HUMAN - SUHB_METJA	70/292 (24.0%)
IMPA2_HUMAN - SUHB_ECOLI	88/272 (32.4%)
IMPA2_HUMAN - SUHB_METJA	72/288 (25.0%)
SUHB_ECOLI - SUHB_METJA	66/280 (23.6%)

Ферменты из разных организмов имеют довольно низкие проценты идентичности. Интересно, что низкое попарное сходство, не является определяющим фактором в функциональной активности домена. Ферменты с разными первичными структурами выполняют одинаковую функцию в разных организмах, т.к. они имеют сходныме 3D структуры, которые образуют активные центры, и в большей степени определяют функции белка.