Учебный сайт Фоменко Елены
Выравнивание последовательностей.
1. 
Вот файл в формате msf.
Процент идентичности: 12/26=0,46 или 46%.
Также значение элемента матрицы сходства BLOSUM62 положительно для
I и M, L и I, E и K.
Процент сходства: 16/26=0,615 или 61,5%.
2. Пользуясь программой Excel, я постороила карту локального сходства последовательностей.
Вот она.
Цветом выделены ячейки, которые образуют путь, сответствующий оптимальному, на мой взгляд, выравниванию.
Ячейки, образующие сплошную диагональ, соответствуют нескольким идущим подряд совпадениям в моем выравнивании.
Пустые строго вертикальные или горизонтальные разрывы между выделенными ячейками будут соответствовать пробелам в одной из строк выравнивания.
3. Пользуясь программой bl2seq, я выровняла первый фрагмент из задания 1 с последовательностью моего белка.
Вот что получилось:
Соответственно, координаты фрагмента в белке: 135-158.
4. А вот результаты выравнивания с помощью bl2seq последовательностей
моего белка YSDC_BACSU и гомологичного ему YTOP_BACSU:
| ID |
YSDC_BACSU |
YTOP_BACSU |
| Организм |
Bacillus subtilis |
Bacillus subtilis |
| Процент идентичности (Identities) |
48% |
| Процент сходства (Positives) |
69% |
| Число гэпов |
0 |
3 |
| Число идущих подряд гэпов |
0 |
2 |
| Суммарное число гэповых колонок |
3 |
| Координаты выровненных участков |
6 - 358
|
4 - 353
|
В результатах также приведено еще одно, совсем короткое выравнивание. Одно такое
выравнивание о гомологии белков не свидетельствовало бы. Для него:
| ID |
YSDC_BACSU |
YTOP_BACSU |
| Процент идентичности (Identities) |
38% |
| Процент сходства (Positives) |
62% |
| Число гэпов |
0 |
0 |
| Координаты выровненных участков |
4 - 16
|
67 - 79
|
А вот и карта локального сходства:
