Учебный сайт Фоменко Елены

1. Укоренение в среднюю точку

С помощью программы retree пакета PHYLIP укореним в среднюю точку дерево, построенное при выполнении задания 4 предыдущего занятия методом Neighbour Joining Using BLOSUM62. UPGMA нам не подходит, так как этот метод предполагает молекулярные часы и строит укорененные деревья.

Укоренение произошло в ветвь {FINM2} vs {LACDA, ENTFA, STRP1, BACSU, GEOKA, LISMO, STAA1}. Это укоренение, думаю, вполне можно считать правильным, т.к. оно отражает разделение классов Clostridia (FINM2) и Bacilli, и, похоже, корень находится как раз где-то в середине самого длинного пути от листа к листу. "Корень" исходного дерева - ненастоящий, хоть отметка и находится на той же ветке, она показывает середину пути от листа к узлу:

2. Использование внешней группы

Деревья, построенные методом "Maximum parsimony", невозможно укоренить в среднюю точку, т.к. этот метод не реконструирует длины ветвей. Воспользоваться укоренением с помощью внешней группы. Реконструируем методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных бактерий, используя в качестве внешней группы белок того же семейства из E.coli. Добавляем к файлу с невыровненными последовательностями белков последовательность белка E.cloi, выравниваем их вместе. Результат импортируем в программу MEGA. Укореняем дерево в ветвь, ведущую к ECOLI. Получаем изображение укоренённого дерева без ECOLI, воспользовавшись кнопкой "Show Subtree Separately".

Получаем корень в той же ветке, как и в предыдущем задании. Вообще, результат получился такой же, как и в задании 5 предыдущего занятия, но теперь получили нормальное изображение корня. Дерево от правильного так же отличается, но укоренение вполне правильное.

3. Бутстрэп

Проведем бутстрэп-анализ филогении своих белков, используя метод "Maximum Parsimony" (в меню "Test of Phylogeny" выбираем "Bootstrap method"). Указываем число реплик, равное 100.

Деревья по топологии получились одинаковые:

То, что неправильные ветви имеют меньшую поддержку, чем правильные - в целом неверно, исходя из результата. Например, правильная ветвь {BACSU, GEOKA, LISMO} vs {FINM2, LACDA, ENTFA, STRP1, STAA1} имеет меньшую поддержку, чем неправильная ветвь {LACDA, FINM2} vs {ENTFA, STRP1, BACSU, GEOKA, LISMO, STAA1}.