Учебный сайт Фоменко Елены

Главная

Семестры

Проекты

Заметки

1. Сбор информации о своем ферменте

1. Мой фермент - FAD1_HUMAN. В Uniprot нашла его и определила EC: 2.7.7.2.

2. С помощью сайта "Enzyme Nomenclature", расшифрован код:

Класс	2	Transferases	Трансферазы
Подкласс	7	Transferring phosphorus-containing groups	Переносящие фосфорсодержащие группы
Подподкласс	7	Nucleotidyltransferases	Нуклеотидилтрансферазы
Порядковый номер	2	FAD synthetase	FAD синтетаза

3. Вот схема реакции, катализируемой моим ферментом:

2. Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

С помощью SRS выяснила, что 1669 белков человека являются ферментами с тем же классом по EC (([swissprot-ECNumber:2.*.*.*] & [swissprot-Species:human*])),
943 — с тем же классом и подклассом (([swissprot-ECNumber:2.7.*.*] & [swissprot-Species:human*])),
272 имеют общие с моим ферментом три уровня классификации (([swissprot-ECNumber:2.7.7.*] & [swissprot-Species:human*]))
и только 1 — все четыре (([swissprot-ECNumber:2.7.7.2] & [swissprot-Species:human*])).

3. Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

1. С помощью SRS получила список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации EC совпадает с таковым моего фермента. Полученный результат сохранила в виде двух файлов: table.txt и mouse.fasta. Всего нашлось 1370 белков, у 702 из них число подкласса (второе) по EC совпадает с подклассом моего FAD1_HUMAN, у 74 — также и третье, только у 1 — вся классификация.

2. Пользуясь программой blastp, нашла среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с моим ферментом. Для этого использовались команды:

makeblastdb -in mouse.fasta -out proteins -dbtype prot
blastp -query fad1_human.fasta -db proteins -out homologs.txt -evalue 10

Нашлось только 4 белка. Думаю, настоящим гомологом можно считать только 1 белок, FAD1_MOUSE. У соответствующего выравнивания, особенно по сравнению с другими, очень большие показатели сходства и идентичности, большое значение Score и маленькое e-value.

3. Попрробовала создать таблицу, которая бы отражала, насколько сохраняется функция в зависимости от позиции находки в выдаче blastp:

ID	E-value	EC	Общее в классификации
FAD1_MOUSE	0.0	2.7.7.2	Вся классификация
GEPH_MOUSE	0.14	2.7.7.75	До подподкласса
PKN2_MOUSE	0,46	2.7.11.13	До подкласса
PDK3_MOUSE	5,5	2.7.11.2	До подкласса

Видим, что по мере увеличения e-value (по возрастанию позиции находки) функция сохраняется все меньше.