Учебный сайт Фоменко Елены

Главная Семестры Проекты Заметки

1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

НазваниеМнемоникаAC записи EMBLКоординаты 16S rRNAЦепь
Bacillus subtilisBACSUAL0091269810..11364+
Enterococcus faecalisENTFAAF0399021..1494+
Finegoldia magnaFINM2AP008971197837..199361+
Geobacillus kaustophilusGEOKABA00004310421..11973+
Lactobacillus delbrueckiiLACDACR95425345160..46720+
Listeria monocytogenesLISMOFM242711234080..235590+
Staphylococcus aureusSTAA1CP000253448819..450374+
Streptococcus pyogenesSTRP1AM29500717043..18549+

Последовательности были воровнены с помощью Muscle.
файл jar

Выравнивание было импортировано в MEGA, дерево реконструировано методом Neighbour-Joining.
Изображение дерева:

Правильное дерево:

Построенное дерево с правильным не совпадает. Отсутствуют ветви {BACSU, GEOKA} vs {FINM2, LACDA, ENTFA, STRP1, LISMO, STAA1} и {BACSU, GEOKA, LISMO} vs {FINM2, LACDA, ENTFA, STRP1, STAA1}, и появились 2 неверные новые: {BACSU, STAA1} vs {FINM2, LACDA, ENTFA, STRP1, LISMO, GEOKA} и {BACSU, STAA1, LISMO} vs {FINM2, LACDA, ENTFA, STRP1, GEOKA}. Качество реконструкции однозначно сравнить сложно, и в задании 5 второго практикума результаты получались не ближе к правильным.

2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

Найдем в своих бактериях достоверные гомологи белка CLPX_BACSU и построим дерево этих гомологов.
Сначала воспользуемся командой:

makeblastdb -in proteo.fasta -out proteins -dbtype prot

Теперь проводим поиск гомологов белка из CLPX.fasta по базе proteins:

blastp -query CLPX.fasta -db proteins -out homologs.txt -evalue 0.001

Из полученного набора белков отбираю только относящиеся к моим бактериям белки, извлекаю из соответствующих баз данных их последовательности в отдельлный файл. В Jalview строим выравнивание программой Muscle, импортируем его в MEGA, методом Neighbour-Joining строим дерево:

Будем считать дерево реконструированным верно. Два гомологичных белка будем называть ортологами, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования.
Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами.

Находим несколько ортологов: HSLU_ENTFA и HSLU_LACDA, CLPX_ENTFA и CLPX_STRP1, CLPX_BACSU и CLPX_GEOKA.
Есть и паралоги, например: J7MBF9_STRP1 и Q99XR9_STRP1, CLPX_BACSU и CLPY_BACSU, B0S3X9_FINM2 и B0S3J0_FINM2.

© Фоменко Елена.