|
По профилю гидрофобности |
TMHMM |
Всего предсказано (N) |
95 |
182 |
А. По данным ОРМ находятся внутри мембраны |
71 |
111 |
В. Из них - "торчащие" из мембраны остатки на концах спиралей |
19 |
51 |
С. Вообще не имеют никакого отношения к трансмембранным спиралям |
7 |
33(28+5) |
D. Число непредсказанных остатков, которые по данным ОРМ находятся в мембране. |
74 |
60 |
Точность предсказания, A/N |
0.75 |
0.61 |
Сверхпредсказание, C/N |
0.074 |
0.18 |
Недопредсказание, D/(L-N), где L-длина последовательности |
0.082 |
0.07 |
В общем и целом можно сделать такой вывод: исходя из показателей таблицы, видно,что оба метода предсказывают примерно одинаково,оба они больше недооценивают,чем переоценивают.
Если просмотреть внимательно разметку в marking.msf,то можно заметить,что все же TMHMМ лучше предсказывает топологию, для предсказанных сегментов более точно определяет размеры.
К тому же TMHMM лучше предсказывает количество трансмембранных сегментов и внутренние и внешние петли.
Длины предполагаемых трансмембранных участков больше, чем в действительности.